Kapcsolatba lépett a San Isidoro de Dueñas trappista monostorral. Rafaelt egy életre magával ragadta a közösségi zsolozsma, a kolostori csend és harmónia, amelyben találkozott Jézussal. Ám mielőtt felvételét kérte volna a rendbe, még befejezte építészeti tanulmányait. 1934 februárjában megkezdte a noviciátust, azzal a szilárd meggyőződéssel, hogy ez az ő hivatása.
Négy hónap múlva a cukorbetegség egy rendkívül gyors lefolyású típusát diagnosztizálták nála. Sokáig nem értette, mi lehet vele Isten szándéka, összezavarodott, elbizonytalanodott, elkeseredett. Zokogva mondta gyóntatója és lelkivezetője, Teófilo Sandoval Fernández atyának: „Azt akarom, hogy az ön karjaiban haljak meg!” Mégis hazaküldték.
A spanyol polgárháború kitörésekor behívták a hadseregbe, de éppen betegsége okán a katonai szolgálatra alkalmatlannak nyilvánították. Visszatért a monostorba, ám egészségi állapota miatt nem engedték, hogy örökfogadalmat tegyen. Elfogadta az utolsó helyet a közösségben, és oblátusként, laikus segítőtestvérként élt a rendben haláláig, 1938. április 26-áig. Személyes spiritualitása a lemondás és a tökéletesen Istenre hagyatkozás misztériumából táplálkozott.
Szenvedés és derű, kitaszítottság és megnyugvás egyszerre volt jelen az életében. Istenhez nem tanulmányain, hanem mindennapi tapasztalatain keresztül közeledett – megélte a szeretetközösséget Jézussal az imádságban éppúgy, mint a zöldségtisztításban. A tarlórépa bolondozása című írásában így fogalmazza meg ezt: „Csak annyit mondhatok, a világ legapróbb dolgát is az istenszeretet megnyilvánulásává változtathatjuk. Szemünk kinyitása és lehunyása – ha azt az ő nevében tesszük – az üdvösséget szerezheti meg a számunkra. Néhány tarlórépa megpucolásával, ha Isten szeretetéből tesszük, hatalmas érdemeket szerezhetünk. (…) Ragadd meg a mindennapokban, az egyszerű életben a kis dolgokat. Ahhoz, hogy szent légy, nincs szükség nagy tettekre, csak arra, hogy a kicsiket nagyszerűen vidd végbe.”
