1881-ben a világi hatóságok bezárták a francia missziót, és Jacques atyát áthelyezték a fő szigetre, Ambohimandrosóba. Az első francia–hova (madagaszkári) háború miatt el kellett hagynia szolgálati helyét. 1886-tól ő vezette az eldugott ambositrai missziót, majd a fővároshoz közel eső An jozorofadyba helyezték. A második francia–hova háború újabb költözésre kényszerítette.
A sok vándorlás ellenére kitartóan végezte munkáját. Hitoktatást végzett, missziós házat épített, földművelésre tanította az embereket, öntözőrendszert tervezett, betegeket látogatott, adományokat vitt leprában szenvedőknek. Nagy tisztelettel viseltetett mindenki iránt, ugyanakkor határozottan kiállt a keresztény értékek mellett mind a helyiek, mind az európai telepesek előtt. „Isten jól tudja, mennyire szeretem a szülőföldemet – mondta –, de megadta azt a kegyelmet, hogy még jobban szeressem ezt a műveletlen vidéket, ahol alig tudok néhány lelket megnyerni az Úrnak. A munkám gyümölcse kétséges és alig látható. De mit számít mindez? Isten megadja a növekedést, amikor eljön az ideje.”
1895-ben kitört a Menalamba (piros kendős) felkelés – a helyi lakosság fellázadt a francia elnyomás és közvetve a keresztény befolyás ellen. Berthieu próbálta biztonságba helyezni a misszióban élőket, de a helyi francia ezredes megtagadta tőlük a védelmet, bosszúból, amiért Jacques atya korábban megfeddte erkölcstelen viselkedése és a helyiekkel való bánásmódja miatt. A keresztények kis csoportját Jacques atya maga vezette el a fővárosig. Ő egy vidéken élő protestáns barátja házában talált menedéket.
A lázadók 1896. június 8-án érték el a falut, ahol rejtőzött. Többek mellett őt is foglyul ejtették. A lázadók vezetője felajánlotta neki: ha megtagadja a keresztény hitet, tanácsadójává nevezi ki, de ő visszautasította. Egy machetével fejbe vágták, súlyosan megsebesült. Ezután a lázadók a főváros felé indultak a foglyokkal. Menetelés közben Jacques atya igyekezett tartani a lelket a többi fogolyban, biztatta sorstársait, hogy legyenek erősek és bízzanak Jézusban.
Körülbelül ötven kilométerre jártak a fővárostól, amikor a lázadók úgy döntöttek, kivégzik. Testét a folyóba dobták, és soha nem került elő. 2012-ben avatta őt szentté XVI. Benedek pápa.
