1395–96 telén nagyon beteg lett. Már kezdett felépülni, amikor 1396-ban néhány barátnője meghívta, hogy tartson velük korcsolyázni. Elesett, és eltört a bordája. Ettől kezdve egész életét ágyhoz kötve töltötte – az állapota egyre romlott, idővel lebénult mindkét lába és az egyik keze, fél szemére megvakult, és testén daganatok, illetve nyílt sebek képződtek. A kor egyik leghíresebb orvosát, Godfried Sonderdanckot is elhívták hozzá, ám ő is tehetetlennek bizonyult. A kutatók ma a tünetek alapján úgy gondolják, Lidvina szklerózis multiplexben szenvedhetett.
Gyóntatója, Jan Pot arra buzdította, hogy próbálja meg türelmesen viselni szenvedését, és egyesítse azokat Krisztus szenvedéseivel. Lidvina fokról fokra megtanulta, hogyan engedheti át magát Isten akaratának. Végül határozott meggyőződésévé vált: már nem is ő szenved, hanem Krisztus szenved benne.
A nyugati egyházszakadás kora volt ez. Megesett, hogy két, sőt három ember is versengett a pápai méltóságért. Az elő re formátorok, John Wycliffe és Husz János fellépése után hitviták és vallásháborúk osztották meg a kereszténységet. Erkölcsi romlás és a hit hanyatlása jellemezte ezeket az időket, s Lidvina korának egyházáért, embereiért is vezekelt, szenvedett. Egyes feljegyzések szerint élete végén megkapta a stigmákat.
A hagyomány úgy tartja, gyakran részesült misztikus látomásokban: megjelent neki az őrangyala, akivel bejárta a poklot, a purgatóriumot és a mennyországot, találkozott Máriával és Krisztussal is. Sokaknak lett lelkivezetője, tanácsadója és vigasztalója: világiak és papok, előkelő és egyszerű emberek egyaránt felkeresték, ő pedig nagy empátiával, szeretettel segítette őket.
Betegsége harmincnyolcadik évében, 1433 húsvétjának hetében halt meg. Életrajzát többen megírták – mások mellett Kempis Tamás is.
