Loyolai Ignác döntésének megfelelően Rómába került, majd Bolognában teológusdoktori címet szerzett. Ezután Ignác német földre küldte misszióba, a reformáció hatására ugyanis a katolikus hit a német nyelvterületen eltűnőben volt. A fiatal jezsuitára bízott feladat, vagyis az, hogy a reformáció országaiban új életre keltse a katolikus vallást, szinte lehetetlennek tűnt.
Az Ingolstadti Egyetem docense, majd rektora lett. Később rövid időre Bécsbe került, ahol lelkipásztori szolgálatot végzett kórházakban és börtönökben. 1555-ben Summa doctrinae christianae címmel katekizmust írt válaszul Luther katekizmusára. Ez Péter haláláig kétszáz kiadást ért meg. Nevéhez fűződik a prágai jezsuita kollégium megalapítása. A német nyelvterület országaiban a Jézus Társasága erős hálózatát alakította ki, elsősorban kollégiumok létrehozásával, amelyek a katolikus megújulás kiindulópontjaivá váltak.
Canisius Péter felszólalt a trentói zsinat befejező ülésén. Mindig szelíden és kedvesen szólt az emberekhez, soha nem használta az eretnek és eretnekség szavakat, ehelyett új tanokról és tanítókról beszélt. A katolikus egyház nehéz időszakában az egyház hitének megújítására törekedett. 1580-ban visszavonult, és a svájci Fribourgba ment, ahol a hithirdetésnek és az írásnak szentelte magát. Itt is halt meg. 1597. december 21-én.