Első útja azért vezetett Kölnbe, mert elődje ígéretét teljesítette az ifjúsági világtalálkozón való részvételre vonatkozóan. Első, maga tervezte útja azonban Wojtyła pápa szülőhazájába, Lengyelországba vezetett, 2006-ban. XVI. Benedek pápaságának egyik jellemző vonása éppen II. János Pál célkitűzéseinek folytatása volt. Ebben egyfelől kifejeződhetett barátinak nevezhető kapcsolatuk, másrészt megvalósulhatott az egyházi életben általa különösen szükségesnek tartott folytonosság.
Kevesebb utazásra vállalkozott, mint elődje. Apostoli útjai azonban jól tükrözik legfőbb pásztori szándékait. Benedek pápát elsősorban a keresztény családok problémái, a nagy Mária-kegyhelyek, a latin-amerikai kontinens, Afrika és az ifjúság kérdései foglalkoztatták. Útjai általában inkább rövidebbek voltak, tavalyi mexikói látogatása mégis nagyon elfárasztotta.
Pápaságának egyik legnagyobb keresztje volt a papság körében világszerte történt szexuális visszaélések ügye. Talán ezzel is magyarázható, hogy 2009–2010-re meghirdette a papság évét, a papi hivatásokért való ima és a papi életszentség jegyében.
Tavaly októberben vette kezdetét a hit éve. XVI. Benedek mindenkinél jobban látta és látja a hit megfogyatkozását a világban. Számos alkalommal beszélt a relativizmus, az ateizmus, a hit meggyengülésének jelenségeiről. Elődje művét folytatva kialakította az újraevangelizálás vatikáni struktúráit, ám ezeknél is lényegesebbnek tartotta a lelkipásztorkodás megújítását.
Három enciklikája a szeretetről (Deus caritas est, 2005), a reményről (Spe salvi, 2007) és a szociális igazságosságról (Caritas in veritate, 2009) szól. Idén jelent volna meg a hitről szóló, negyedik pápai körlevél, amely még nem készült el. A vatikáni szóvivő, Federico Lombardi ezzel kapcsolatban úgy nyilatkozott: természetesen nem enciklikaként, de más műfajban minden bizonnyal olvashatjuk majd ezeket a gondolatokat is.