Ebből a célból Budapesten 1964. szeptember 15-én a külügyminisztériumban egy okmányt és ahhoz csatolt jegyzőkönyvet írtak alá. Ez tartalmaz néhány gyakorlati megállapodást, biztosítékot, illetve kötelezettséget a vita tárgyát képező kérdések egy részéről, és egyben lerögzíti az álláspontokat, igényeket, fenntartásokat, amelyeket a két Fél az egyik kérdésre vonatkozólag kifejezett. A két fél kifejezte készségét, hogy a jövőben is folytasson véleménycseréket azzal a szándékkal, hogy lehetőség szerint más kérdésekben is megegyezésre jussanak. Az okmányokat a Magyar Népköztársaság kormányának teljhatalmú megbízottjaként Prantner József miniszter, az Állami Egyházügyi Hivatal elnöke, a Szentszék teljhatalmú megbízottjaként Mons. Agostino Casaroli, a Rendkívüli Egyházi Ügyek Szent Kongregációja helyettes titkára írta alá.” A hivatalos szövegből a közvélemény legfeljebb annyit tudhatott meg, hogy tárgyalások folytak a Szentszék és a hazai hatalom között. A külföldi rádiók kommentárjaiból azonban értesülhetett a nemzetközi sajtó értékeléseiről is. A derűlátóbbak abban reménykedtek, hogy a helyzet valamennyire javulni fog. Akik ellenezték a kommunistákkal való tárgyalást is, azok viszont gyanakvással figyelték a történéseket. Sokan kérdezték: „Ez minden?” Mindenesetre mindjárt több püspökkinevezés is történt. Hamvas Endre csanádi püspök kalocsai érsekké emelkedett, Brezanóczy Pál egri apostoli kormányzó címzetes püspöki kinevezést kapott, Cserháti József ugyancsak címzetes püspökként pécsi, Ijjas József pedig csanádi apostoli kormányzó lett. Bánk József győri, Winkler József szombathelyi püspökként folytathatta szolgálatát. Az is a megállapodás tárgya volt, hogy a római Pápai Magyar Intézet ezután nem az emigráns magyar papok háza marad, hanem az ösztöndíjas magyar papok római magasabb tanulmányait szolgálja. A „részleges megállapodást” természetesen nehéz tárgyalások előzték meg és készítették elő. Ezzel kapcsolatban érdemes idézni Agostino Casaroli 1964. április 18-ai jelentéséből, hogyan foglalt állást Mindszenty József bíboros prímás: „Nem ellenzem a jelenleg folyó tárgyalásokat az Apostoli Szentszék és az úgynevezett magyar kormány között: számos úton lehet szolgálni az egyház javát. (…) Elég veszélyes tárgyalni velük: nem tartják meg a szavukat és nagyon szívesen becsapják az Apostoli Szentszéket.” Az új püspökök kinevezése a bíboros számára nem jelentett igazi megoldást. Vitathatatlan tény, hogy szükség volt a tárgyalásra, és a „részleges megállapodás” lehetővé tette a Vatikán számára a magyar egyház lelkipásztori szabadságának legalább részbeni helyreállítását. Ugyanakkor később Agostino Casaroli is szomorúan állapította meg, hogy „a Budapesten született megállapodás nemcsak hogy nem hozott semmi javulást a magyar egyháznak, de aláírása után – talán az ügy egyenes következményeként – több szempontból tovább romlott a helyzet.” Részletesen fel is sorolja: „Ennek legfontosabb jelei voltak, hogy újabb papokat tartóztattak le és ítéltek el; az egyházi kinevezések területén a püspökök szabadságát ugyanúgy vagy még inkább korlátozták; szigorító intézkedéseket hoztak az iskolai és plébániai hitoktatást illetően; s azzal fenyegetőztek, hogy bezárják a megmaradt nyolc egyházi iskolához kapcsolódó négy internátust. Növekedett az ellenőrzés, és nagyobbak lettek a megszorítások a pannonhalmi bencések iskoláiban.”
A tizenkét pontból álló jegyzőkönyv témáinak megtárgyalására nem került sor. Ennek a „részleges megállapodáshoz” csatolt jegyzőkönyvnek a szövegét nem is hozták nyilvánosságra. Ebben sorolták fel az egyház megrabolt szabadságának megannyi „problémáját”. A negyvenöt évvel ezelőtti „részleges megállapodás” nem volt egyezmény, még kevésbé hagyományos konkordátum. Nem vitás, sokkal több kérdésben nem jött létre egyetértés, mint amennyiben igen, és azok is inkább gyakorlati, átmeneti jellegű megoldások voltak. De valami elindult. VI. Pál pápa 1977-ben – amikor kérésére fogadta Kádár Jánost – így nyilatkozott a „keleti politikáról”: a Szentszék és a magyar állam egymáshoz való közeledése kezdeményezését sokan kritikus vagy legalábbis tanácstalan tekintettel követik, és erről lelkiismeretünk után még majd ítéletet mond a történelem.
