Első mondataiban a Szentatya említést tett még a térség közelmúltbeli történelmének néhány fontosabb állomásáról: a „bársonyos forradom” és a berlini fal leomlásának 20. évfordulójáról, amelyek egyfajta vízválasztót jelentettek az egész világ, de főként a kelet- és közép-európai országok számára. Negyven esztendő politikai elnyomását azonban nem lehet bagatellizálni. E régió számára különösen nagy tragédiát jelentett az akkori kormányok kíméletlen törekvése arra, hogy elnémítsák az egyházat. Csehország történelme során Szent Vencel korától Szent Ludmillán, Szent Adalberten keresztül Nepomuki Szent Jánosig bátor vértanúk sokasága maradt hűséges Krisztushoz. A Szentatya emlékeztetett még a közelmúlt jelentős egyházi személyiségére, Beran bíborosra, akinek folyamatban van boldoggáavatási eljárása, valamint Frantisek Tomasek bíborosra, és az üldözött, ám hitükben rendíthetetlen papok, szerzetesek és világi hívek sokaságára. „Isten nélkül az emberek nem tudják, hova menjenek, és azt sem értik, kik is ők valójában. Az evangélium igazsága nélkülözhetetlen a társadalom számára, mert megnyitja a szíveket a reménységre, és képessé tesz arra, hogy felismerjük Isten fiainak kétségbevonhatatlan méltóságát – mondotta a Szentatya a repülőtéren.
A pápa – útban Prága felé – a repülőgépen tartott sajtókonferencián kérdésekre válaszolva felidézte Václav Havelnek az igazság és a szabadság kapcsolatáról szóló írását. Ebben az egykori elnök azt üzeni, hogy az elnyomó kommunista rezsim a hazugságra épült, pedig az igazság az, ami szabaddá tesz bennünket. Az üzenetben egymásra találnak keresztények és nem hívők egyaránt – mondotta XI. Benedek. A Cseh Köztársaságban a katolikusok ugyan kisebbségben vannak, ám fontos szerepet játszanak a nevelés területén és a szegények iránti elkötelezettségben.Az apostoli látogatás a Prágai Kis Jézus-kegyszobor meglátogatásával kezdődött a karmeliták 1611-13-ban épült Győzedelmes Szűz Mária-templomában. A Szentatyát a cseh főváros főpolgármestere fogadta, és a családok üdvözölték. „A Kis Jézus képmása a gyermekség gyöngédségével segít megtapasztalni Isten közelségét és szeretetét” – fogalmazott beszédében a pápa. A gyermek Jézustól az egység és az összhang ajándékát kérte minden családnak, és külön imádkozott azokért a gyermekekért, akiket nem szeretnek és nem tisztelnek. Imádkozott a nehéz helyzetben lévő családokért, melyeket betegség és fájdalom sújt, válságban vannak, ellentét és hűtlenség közepette élik mindennapjaikat. A pápa 26-án délután udvariassági látogatást tett Václav Klaus elnöknél. Állami és társadalmi vezetőkkel, valamint a diplomáciai testület tagjaival találkozott. Este a Szent Vitus-székesegyházban a zsolozsma vesperását imádkozta papokkal, szerzetesekkel, szeminaristákkal és a lelkiségi mozgalmak képviselőivel.
„Az egyház nem kér kiváltságokat, csak azt, hogy mindenkit evangéliumi lelkülettel szolgálhasson” – hangsúlyozta a pápa a vesperáson. „Az egyház szeretetben egyesülve tegyen tanúságot a hit szépségéről egy olyan társadalomban, amely még magán viseli az ateista ideológia sebeit, és amelyet elbűvöl a fogyasztói szemlélet.” A Szentatya elismerő szavakkal nyugtázta a helyi karitász szegények iránti szolgálatát, majd a fiatalok képzésének, a katolikus iskolák jelenlétének fontosságára mutatott rá. A cseh főváros szívében lévő, Szent Vitus, Vencel és Adalbert nevét viselő gótikus székesegyház építése 1334-ben kezdődött. A kommunista rezsim kisajátította az épületet, és jelenleg is az állam tulajdonában van – az egyház pusztán használati joggal rendelkezik. Morvaország fővárosában, Brnóban (Brünn) minden eddiginél nagyobb számú, százötvenezres hívősereg vett részt szeptember 27-én délelőtt a repülőtéri pápai szentmisén. A Cseh Köztársaság fiatal történelmének legnagyobb egyházi találkozójára került sor. Több ezren érkeztek Szlovákiából, Lengyel- és Németországból, Ausztriából és Magyarországról. A magyar püspöki konferenciát Udvardy György esztergom-budapesti segédpüspök képviselte. „Jézus azért jött el, hogy szabadságot és örömet hirdessen a szenvedőknek és a szegényeknek – mondta homíliájában a pápa. Jézus az egyetlen megbízható reménységünk, akire szüksége van Csehországnak, Európának és az egész emberiségnek. A történelmi tapasztalat azt mutatja, hogy az ember abszurd dolgokat követ el, ha kizárja Istent választásai és tettei látóhatárából. A szabadságot szüntelenül újra ki kell vívni. A jelenlegi társadalomban a szegénység sok formája jön létre az elszigeteltség, a szeretetlenség, Isten elutasítása következtében. Elidegenült világunkban, amely pusztán emberi tervekben bízik, csak Krisztus lehet biztos reménységünk. Ez az az örömhír, amelyet nekünk, keresztényeknek mindennap hirdetnünk kell tanúságtételünk révén.” XVI. Benedek szeptember 27-én délután a cseh ökumenikus tanács képviselőivel találkozott a prágai érsekségen. Beszédében utalt a korábbi rezsimek összeomlását követő nehéz, de eredményes átalakulási folyamatra. „Az elmúlt két évtizedben a keresztények minden más jóakaratú emberrel összefogtak egy igazságos politikai rendszer újjáépítésére. Ma is folytatják a párbeszédet annak érdekében, hogy új utakat találjanak a kölcsönös megértés, a békéért való együttműködés és a közjó előmozdítása felé” – fogalmazott a pápa, ugyanakkor rámutatott, hogy új formában tűnnek fel azok a törekvések, amelyek háttérbe akarják szorítani a kereszténység közéletre gyakorolt hatását. Európa keresztény gyökerei továbbra is hatással vannak, és táplálják a közéletet. Vasárnap este az akadémiai világ képviselőivel a prágai vár Wladislaw-termében találkozott a Szentatya. Az eseményen mintegy ötszázan vettek részt. Az egyetemek és a tudományos élet képviselőihez intézett beszédében hangsúlyozta, hogy az emberi szellem győzött a totalitárius ideológia felett, de nem engedhetjük – mondta –, hogy most a relativizmus korlátozza a tudomány valódi szabadságát. XVI. Benedek felidézte a bársonyos forradalom idejét, az ember olthatatlan vágyát a szabadság és az igazság után. A történelem során valahányszor megpróbálták szétválasztani ezeket a fogalmakat, az emberi lét mindig veszélybe került. A pápa bírálta azt a felfogást, amely élesen szembeállítja egymással az értelmet és a vallást.
Az apostoli látogatás utolsó napján, szeptember 28-án, Szent Vencel, Csehország védőszentje emléknapján a Szentatya Stara Boleslavban fiatalok részvételével mutatott be szentmisét. Előtte a bazilikában felkereste Szent Vencel ereklyéit. „Időszerű-e manapság az életszentség? – kezdte beszédét a pápa, majd hangsúlyozta, hogy hívő és hiteles emberekre van szükségünk. Akinek lelkében istenfélelem lakik, az képes részt venni egy igazságos és testvéri világ építésében. A szentek példája bátorít, hogy hiteles emberek legyünk. Szent Vencel tekintetét nem vette le Krisztusról – idézte a szent életét a pápa. Az életszentség útján nem könnyű előrehaladni Isten felé, aki az Igazság. Ezen az úton megtapasztaljuk az isteni szeretet erejét.” A szentmise után XVI. Benedek pápa közvetlenül az ifjúsághoz fordult. „A fiatal emberek természetes boldogságvágyát a mai fogyasztói társadalom gyakran hamis módon használja ki. Ne felejtsétek Szent Ágoston szavát, aki azt írta: »Nyugtalan a mi szívünk, Uram, míg meg nem nyugszik benned.« Barátaim, Krisztus kopogtat mindnyájatok szívének ajtaján. Boldoggá akar tenni benneteket, emberséggel, méltósággal akar eltölteni. A keresztény hit találkozás Krisztus élő személyével, aki új irányt ad életünknek. Hivatást ad a keresztény házasságra vagy a papi, szerzetesi életre. Kedves fiatalok, legyetek az egyház reménysége!” Végül szlovákul, lengyelül, németül és cseh nyelven köszöntötte a hazai és a környező országokból érkező fiatalokat a pápa. Visszatérve Prágába, a Szentatya az érseki palotában együtt ebédelt a cseh püspökökkel. Majd a búcsúzás következett a nunciatúrán, végül a repülőtéren. Este hat óra tájban indult repülőgépe Róma felé.
