Egy év múltán megjelent a Rycerz Niepokalanej című havilap, amely a mai napig létezik. Emellett napilapot (Mały Dziennik) is szerkesztett, és katolikus rádióadót is létrehozott. Az általa alapított Niepokalanów kolostor valóságos médiaközpont volt. 1930-ban Japánba ment missziós szolgálatra. Ott is hasonló lelkesedéssel végezte hivatását – japán nyelvű folyóirata 1930-ban tízezer, 1934-ben pedig már hetvenezer példányban jelent meg.
1936-ban tért haza. A háború kitörése után nem sokkal több rendtársával együtt letartóztatták, de négy hónap múltán elengedték. 1941 februárjában másodszor is letartóztatta a Gestapo. Május 20-ig a Pawiak börtönben volt Varsóban, majd Auschwitzba szállították. Augusztus 14-én végezték ki. ,,A páter haláláról az egész táborban beszéltek – emlékezett vissza egyik fogolytársa. – Ő nemcsak egy embert mentett meg az életnek: tettével sokaknak bátorságot adott ahhoz, hogy túléljék a tábort. Fel tudta ébreszteni bennünk az emberi jóságba vetett hitet.” Franciszek Gajowniczek, a családapa, aki helyett Kolbe atya vállalta a barakkjukra kiszabott büntetést 1995-ben hunyt el.
