A templom és az egyházi szertartások misztikuma, az egyházi zene reformációjának szándéka vezette Liszt Ferencet arra az elhatározásra, hogy élete derekán előbb confrater (a pozsonyi ferencesek tiszteletbeli társa) lett, majd 1865-ben felvette az alsó egyházi rendeket. Papi ruhában, fekete reverendában járt, ahogy az róla készült fotókon, ábrázolásokon látható. Ideje nagy részét az egyházi szertartásokon való részvételre, imádkozásra fordította. 1861-ben Rómába költözött, és a Vatikánban vagy egy-egy közeli kolostorban alkotott, a magányt, az elvonulást, a csöndet keresve. A római időszakban (1861–1869) komponálta egyházi, vallásos alkotásainak túlnyomó részét is, néhány kivételtől eltekintve nem megrendelésre, hanem „belső, szívbéli szükségletből”. Az egyházi zeneművek komponálását mindig is szent feladatának tekintette. Ebben az évtizedben készült el a Missa choralis és a monumentális Krisztus oratórium.
A Musica Sacra legjelentősebb XIX. századi zeneszerzője magyarországi tartózkodásai alatt gyakran megfordult Pesten, a belvárosi templomban. A hazai és nemzetközi Liszt-kutatás már évtizedek óta ismeri Pest egykori főtemploma és a belvárosi plébánia kitüntetett szerepét a mester életében és munkásságában. Ebben a templomban és a hozzá kötődő személyekben: a papságban és a zenészekben találta meg Liszt azt a támogató és inspiráló fórumot, ahol az egyházzene megreformálására vonatkozó szándéka, művészi elképzelései testet ölthettek. Betanított, vezényelt, és egyházi darabjai a liturgiában, annak megfelelő pontjain szólaltak meg.
A zeneszerző élete utolsó évtizedeit Weimar, Róma és Budapest között osztotta meg, s pesti tartózkodásai alatt gyakran tért be a templomba, és szívesen látott vendége volt a plébániának. Kiemelendő Schwendtner Mihály plébánoshoz és Bogisich Mihály káplánhoz fűződő kapcsolata, melyekről méltó megemlékezni.
Schwendtner Nagyszombatban és Bécsben tanult bölcseletet és teológiát. Tábori lelkészként részt vett a szabadságharcban, halálos ítéletét hatévi várfogságra változtatták. Az apát-plébánost 1861-ben nevezték ki belvárosi plébánosnak. A templom papjai közül kimagasló, meghatározó személyiség volt, a magyar művészeti és politikai élet összes nagy alakját személyesen ismerte. Művészetpártolása az egyházi zene felvirágzását is jelentette a templomban. Liszt egyik legközelebbi barátja és igen szívélyes vendéglátója lett.
A zeneszerző így emlékezett meg róla az egyik levelében: „A plébános, Schwendtner, püspöki címet viselő pap, aki már három ízben, 65-ben, 67-ben és 70-ben nagyon széles körű és szívélyes vendégszeretetben részesített és legjobb barátaim egyike maradt.”
Liszt iránta való nagyrabecsülését jelzi, hogy Schwendtner mellszobra ott állt a zeneszerző Vörösmarty utcai lakásának ebédlőjében.
A XIX. század második felében a templom előtti, akkori Eskü tér sarkán állt a plébánia épülete. Az eklektikus stílusú palotában lakosztálya volt a plébánosnak, a káplánoknak, a karnagynak, a kántornak és az orgonistának, a nagy szalont pedig egybe lehetett nyitni a környező kisebb helyiségekkel. Külön szobák álltak rendelkezésre a vendégek fogadására. A plébániának Liszt hosszú éveken át (1858–1870) gyakran volt lakója. Pesti tartózkodásai alkalmával egy, a Dunára néző, kényelmesen berendezett szobában lakott. Vasárnaponként Schwendtnernél ebédelt a plébánián, a plébános lakása pedig többször vált a Liszt tiszteletére rendezett estélyek helyszínéül. A plébániaépületben próbált az Engeszer Mátyás karnagy által alapított Budapesti Liszt-egylet, amely gyakran énekelt a tíz órai nagymiséken. Az énekkart Engeszer és Liszt közösen vezette. A szalon adott otthont a zeneszerző 1870 novemberében elkezdett vasárnapi matinésorozatának is. Liszt szívesen tartózkodott a plébánián, és később, amikor már a Zeneakadémián lakott szolgálati lakásában, akkor is hűségesen visszajárt vezényelni, orgonálni a tíz órai nagymisékre, valamint a vasárnapi ebédekre.
A belvárosi plébánia épületét az 1890-es évek végén, az Erzsébet híd építésekor sajnálatos módon lebontották, így a Pesti Főtemplom és Plébánia egy funkcionálisan és (zene)történetileg is igen fontos, reprezentatív épületét veszítette el.
1870. december 15-én lett a templom káplánja Bogisich Mihály, a nagy jelentőségű egyházzenész pap. Gimnáziumi tanulmányait a pesti piaristáknál végezte, majd a Pázmáneum növendéke lett. 1863-ban szentelték pappá. 1882-től budavári plébános lett. 1881-től a budapesti egyetemen általános és egyházi zenetörténetet tanított. 1888-ban jelent meg népénekgyűjteménye, az Őseink buzgósága. 1897-ben megalapította az Országos Magyar Cecília Egyesületet (OMCE), amelynek haláláig elnöke maradt. Az egyházi szolgálat mellett magánénekesi és zeneszerzői munkássága is jelentős volt. Tenorszólistaként gyakran közreműködött a pesti főtemplom tíz órai nagymiséjén és Lisztnek a plébánia dísztermében tartott matinéin. Egyházzenei tankönyve, A keresztény egyház ősi zenéje és két népének-feldolgozása ma is megtalálható a templom kottatárában.
*
Két évig tartó feltárási, restaurálási munkák és a felújítás után 2016. augusztus 14-én nyílt meg újra a nagy jelentőségű belvárosi főplébánia-templom, amely hazánk kiemelkedő történelmi, kulturális és egyházi öröksége. Újramegáldása tiszteletére és a templombúcsú ünnepére jelent meg „Az idők tanúja”. A pesti Nagyboldogasszony-templom története című reprezentatív, gazdagon illusztrált és tudományos igényességgel megírt könyv, amelyet Hegedűs András, az esztergomi Prímási Levéltár igazgatója szerkesztett. Szerzői rajta kívül még Beszédes József és Kovács Eszter régész, Horogszegi Tamás és Szerdahelyi Márk művészettörténész, valamint Horváth Ágnes egyházzenész-kutató. A kötet a templommal kapcsolatos eddigi ismereteinket összegzi, különös hangsúlyt helyezve a legújabb régészeti, művészettörténeti és történettudományi eredmények ismertetésére, melyek az említett régészeti feltárásokon alapulnak. Az olvasó megismerkedhet a templom ezerhatszáz éves történelmével a római kortól napjainkig, benne Liszt Ferenc műveinek itteni előadásaival, a templomhoz fűződő kapcsolatával.