A török hódoltság idején, a Várnegyed Öreg Mecsetként (Eszki-dzsámi) ismert főtemploma megmenekült a pusztulástól, azonban a nagy budai tűzvészben komoly károkat szenvedett. A XIX. században kezdődött Schulek Frigyes terveire alapozva az első grandiózus felújítás. A templom liturgikus, komolyzenei és turisztikai szerepet tölt be, s e területeknek egymással harmóniában kell működniük. Ennek érdekében a kétezres évek elejére elengedhetetlenné váltak a további fejlesztések.
A Mátyás-templom rekonstrukciója 2006 és 2011 között valósult meg, közel 5,5 milliárd forintnyi támogatási összegből, melyet főként a külső helyreállítására, a harangtorony megújítására, valamint a múzeum kiállítóterének kialakítására költöttek. 2012–2013-ban újabb kormányzati és európai uniós támogatások révén 3 milliárd forintból sor került a teljes templombelső egységes és magas színvonalú restaurálására is.
2013-ban a világörökség részét képező budai Vár egyik legfőbb történelmi műemléke, a kívül-belül megújult egykori koronázó-templom régi fényében, ám XXI. századi technikával felszerelve ismét megnyílt a nagyközönség előtt. A térszint alatt kialakítottak egy látogatóközpontot, a tetőt a pécsi Zsolnay-gyárból származó mintegy kétszázötvenezer színpompás cseréppel fedték le, 138 ajtót, 291 ablakot, 11 koronázási zászlót, számos faliképet és csaknem 300 négyzetméternyi ólomüveget újítottak fel. A látogatottság a rekonstrukció előtti időkhöz képest átmenetileg visszaesett, de több mint háromszáz szerződött turisztikai partner dolgozik a vendégek számának gyarapításán. 2014-ben már hatszázezren váltottak belépőjegyet, ami megközelíti a korábbi látogatószámot.
A szakrális céllal érkezők számára ingyenes a belépés. A turisták 40 százaléka szervezett csoportként érkezik, 40 százaléka egyénileg. A maradék 20 százalékot csoportosan érkező gyerekek és nyugdíjasok teszik ki, akik rugalmasabb programtervezésük miatt több időt tudnak eltölteni a falak között, és egyre nyitottabbak a templom kiadványainak megismerésére. A külföldi turisták a látogatók 60 százalékát adják. Ők többnyelvű csoportos idegenvezetést vehetnek igénybe, és ismertető kiadvány is a rendelkezésükre áll. Évente ötven-hetven előre bejelentkezett zarándokcsoport érkezik ide. Számukra szintén ingyenesen látogatható a templom. A zarándokok menedékre és imádkozási lehetőségre találhatnak az ötvenfős altemplomi kápolnában.
Közel hat év után, az idei év elejére befejeződött a templom orgonájának felújítása – ez az ország második legnagyobb hangszere. Az így már két orgonával rendelkező, kivételes akusztikájú térben egyszerre akár négy orgonista is megszólaltathatja a két hangszert, ami a hallgatóság számára varázslatos élményt nyújt majd. A tervek szerint a közeljövőben rendszeresen felhangzik Budapest legnagyobb orgonájának muzsikája. Játékát a betérő turisták is bármikor élvezhetik.
A főváros támogatása révén, a jelenlegi felújítás utolsó lépéseként folyamatban van a régi főoltár és az országban egyedülálló módon fennmaradt középkori dombormű, a Mária- kapu rekonstrukciója is. A turisztikai szolgáltatások szintén jelentős fejlesztésen estek át: a templomban mára a külföldi turisták mellett különleges idegenvezetést biztosítanak az iskolai csoportok számára is. Az alsó tagozatos gyerekek sokszor tátott szájjal bámulnak az épületet díszítő számos állatfigura láttán, és élvezettel hallgatják az izgalmas történeteket, melyeket vezetőjük segítségével ismerhetnek meg a templom falai között.
A mázsás és mégis égbe törő kövek között megszólaló orgonajátékot hallgatva e templomban mindenki otthonra talál. Harmóniát és menedéket lel itt a szecessziót és a gótikát felfedező turista, a zarándok, a budapesti család és a szakrális zene szerelmese egyaránt.
