A kezdeti lépések azt mutatják, hogy Kardos Dezső nem volt járatos a magyar viszonyokban. Számos hibát követett el, amelyek a probléma iránt kevésbé nyitott egyháznagyok magatartását az egyesület ellen fordíthatta volna. De nem ez történt. Az érintett vezetők segítő szándékkal álltak a zsidókérdéshez. Belső levelezésükből kitűnik, hogy szóról szóra, érdemben átvizsgálták az alapító dokumentumokat, majd konkrét fogalmazványi javaslatokat tettek. Külön foglalkoztak Kardos atyának az 1939. március 17-én kelt jóváhagyási kérelmében megfogalmazott hármas – hitbuzgalmi, kulturális és szociális – célkitűzéseivel. Az egyházi vezetők számára a célkitűzések jelentették az igazi dilemmát. Ezeket a kérdéseket kellett feloldani: Szükség van-e egy újabb egyesület létrehozására, nem elegendő-e valamelyik meglévő egyesület a hitben való elmélyülésre? Szükség van-e a zsidó származású konvertiták elkülönítésére az egyházban, nem elegendő-e, ha a területileg illetékes egy ház – község tagjaiként gyakorolják hitüket? Szükség van-e arra, hogy a kenyerüket vesztett konvertitákat külön, nevesítve anyagi támogatásban részesítsék, nem oldható-e meg támogatásuk a hagyományos keretek között?
Miközben az egyesület alapító tagjai, mindenekelőtt Székely Károly, Pálfi Miklós és Kardos Dezső, valamint özv. gróf Károlyi Józsefné minden kapcsolatot felhasználtak, addig a budapesti érseki helytartóság és az esztergomi főegyházmegyei hivatal illetékesei között élénk levelezések és megbeszélések zajlottak. A tanácskozások eredményei a kezdeményező sioni atyát igazolták. Mészáros János érseki helytartó válasza mindhárom kérdésre „igen” volt. Szükség van a jelenlegi időkben és helyzetben külön egyesület alapítására. Konkrétan:
„Ami azt az első kérdést illeti, vajjon helyes-e a zsidó származású katolikusokkal ahelyett, hogy őket a már létező hitbuzgalmi alakulatokba utalnók a többi katolikus hívők közé, külön egyesületbe tömöríteni és velük ott külön foglalkozni, annak a véleményemnek adok kifejezést, hogy az adott helyzetben tényleg szükségesnek mutatkozik az ilyen eljárás. Szükségesnek kell ezt minősítenem épen annál az ellenszenvnél fogva, amely ma a zsidókkal és a zsidókból lett keresztényekkel szemben is a népnek széles rétegeiben mutatkozik. El tudom képzelni, hogy ha meg is van az új keresztényekben a hitben való elmélyedésnek őszinte törekvése, nem csekély akadály számukra az az ellenszenv, amely őket sokaknak részéről kíséri. Ez sajnálatos, s ez ellen küzdeni kell, de félek, hogy ezen egyelőre változtatni nemigen lehet. Márpedig az újonnan kereszteltek fokozott lel kigondozást igényelnek. Ezt a mondott okoknál fogva a híveknek gyülekezetében az új keresztényeknek megadni alig lehet. Ezért szükségesnek gondolom, hogy addig is, míg a közhangulat, amely ma határozottan a zsidóság ellen van, s amely a megkeresztelt zsidókkal sem tesz kivételt, meg nem változik, külön foglalkozzunk a megtértekkel, s igyekezzünk őket lelkileg nevelni és erősíteni.” Már csak a név kérdése okozott gondot, ugyanis Bangha Béla jezsuita hasonló nevű társulata könnyen zavart kelthetett volna. Ezt elhárítandó 1939. július 4-én huszonöt személy részvételével közgyűlést tartottak. Az egyesület ekkor vette fel a Magyar Szent Kereszt Egyesület nevet, Szent Pál apostolt pedig megtartotta védőszentjének. (Ez hivatalosan 1940-ben történt.)
Miután minden akadály elhárult, Serédi bíboros 1939. augusztus 18-án 5568/1939. számon jóváhagyta az egyesület alapszabályát.
A Magyar Szent Kereszt Egyesület első vezetőségét a következő személyek alkották: özv. gróf Károlyi Józsefné, a Lengyel–Magyar Menekült Bizottság elnöke (védnök); Almásy József, a Központi Papnevelő Intézet vicerektora (1939. július 4-étől egyházi elnök; a tisztség az 1939. március 5-i alakuláskor még betöltetlen volt); Slachta Margit, a Szociális Testvérek Társaságának főnöknője (társelnök); id. Schuck István nyugalmazott vezérigazgató (társelnök); Fischer Antal, a Chinoin-gyár biológiai laborvezetője (alelnök); Pálfi Miklós ügyvéd (főtitkár); Huszár György orvos (titkár); Szipszer Sándor magántisztviselő (titkár); Székely Károly okleveles mérnök (főpénztáros); Gadó Ottó magántisztviselő (jegyző); Pálfi Zoltán ügyvéd (ellen – őr); Kauders Aurél kereskedő (ellenőr); Vida Károly orvos (számvizsgáló); Szántó György magántisztviselő (számvizsgáló); Fodor Márton magántisztviselő (számvizsgáló). Az egyesület vezetőségének tagnévsorát a tizenkét tagú választmány (két póttaggal), valamint Kardos Dezső mint választmányi tag és lelkivezető egészítette ki.
Igazi elismerést és perspektívát az egyesület 1939. október 3-án kapott: az 1925-ben katolizált Kornfeld Móric nagytőkés közbenjárására Serédi Jusztinián a konvertita zsidók védelmét a püspökkari konferencia témájává tette, és bizottság létrehozásával bízta meg gróf Zichy Gyula kalocsai érseket. Az érsek e minőségében 1939 karácsonyán már szózatot intézett „az 1939. évi IV. t.-c. érintette katolikusok lelki s erkölcsi megsegítésére”, illetőleg 1940-ben a püspökkari konferencia elé terjesztette a bizottság teljes névsorát. (Zichy Gyula 1942-ben bekövetkezett halála után a háború idején a fővédnöki feladatokat báró Apor Vilmos győri püspök vállalta.)
Kardos Dezső a háború alatt főként lel ki vezetői tisztséget viselt. Látta megvalósulni művét: az egyesület az ország hét nagyobb városában működtetett fiókszervezeteket; a háború végére több mint hétezer tagot számlált; az egyházi szervek mellett kizárólagos jogon hitújoncokat taníthatott (adatok szerint az egyesület harminckétezer hitújoncról vezetett nyilvántartást); és maradéktalanul, olykor erején felül teljesítette az alapításakor megfogalmazott hitbuzgalmi, kulturális és szociális célkitűzéseket.
A Lakatos-kormány idején a fővárosi rendészeti hatóságok elrendelték az egyesület hivatalból történő feloszlatását. Szálasi hatalom – átvétele után az egyik nyilas egység 1944. november 17-én lerohanta budapesti központi irodájukat (VIII., Múzeum körút 10., I. emelet 4.), és az ott tartózkodó mintegy százötven embert megverte és elhurcolta. A pápai nunciatúra közbelépésére azonban elengedték őket… Kardos Dezsőről 1944 novemberéből maradtak fenn az utolsó adatok. Ha valaki tud valamit a sorsáról, kérem, jelezze. „A pap az egyház kincse.” Különösen, ha olyan előrelátó és realista, mint ő volt a vészterhes időkben.
