A főoltáron túl még négy mellékoltár is megmaradt. A hajóban a régészek egy keresztelő-medence alapjait is feltárták. Ez szokatlan, mert mint ismeretes, a középkorban a bencés templomokban nem kereszteltek. A régészek erre a rejtélyre is megtalálták a választ. A helyszínen ugyanis egy még korábbi templom is előkerült. A XII. században épült bencés apátsági templom északi falának megépítése során átvágták egy régebbi, kör alakú templom – egy rotunda – alapfalait. Rotundákat Magyarországon a XI. században kezdtek építeni, és gyakran falusi plébániatemplomnak szánták őket. Az apátság építését megelőzően itt is egy ilyen templom állhatott valószínűleg már a XI. században. Ennek a templomnak a plébániai jogait vehette át később az apátság, s ezért került keresztelőmedence a bencés templomba. A XII. századi építész a két épületet gyönyörűen olvasztotta egységbe.
A kerek templom közepén a régészek egy téglával falazott sírt is találtak. Szent István király hajdan a szerveződő megye élére állította Borsodot, akinek utódai itt telepedtek le. Egyiküket, akiről a legfontosabb birtok a nevét kapta, Miskolcnak hívták. Nem tudják, hogy az ő temetkezőhelyét találták-e meg, mert a XV. században rablók dúlták szét a sírt. Ám valószínűsítik, hogy ez a nyughely volt a tapolcai bencés apátság alapítójának sírja, aki vagy a már említett Miskolc nevű előkelő, vagy annak közeli leszármazottja lehetett.
