Akkoriban nem volt ellenszere a lepra kórokozójának, de Jan atya észrevette, hogy az egészséges táplálkozás és a megfelelő higiéné lelassítják a betegség terjedését. Kidolgozott egy gondozási módszert, amelyet a mai napig alkalmaznak a lepra kezelése során. Minden eszközt megragadott, hogy adományokat gyűjt sön. A legelső támogatásból a gyerekek rizsadagját növelte meg. Idővel olyan körülményeket tudott teremteni, hogy a temetések száma heti hétről évi ötre csökkent.
Mindez természetesen nem volt könnyű feladat számára. Egyik levelében bevallotta, hogy az első időkben néhány beteg ápolása közben elájult, annyira viszolygott. A szolgálathoz az imádság adta számára az erőt. Bár nem volt sok ideje a csendes elvonulásra, a mindennapi munka közben is megőrizte a Szent Ignác-i szemlélődő lelkületet.
Az álma egy rendesen felszerelt kórház létesítése volt. 1903-ban nyílt lehetőség arra, hogy elkezdődjön az építkezés Maranában, Fianarantsoa közelében. Óriási vállalkozás volt ez egy olyan országban, ahol szinte minden feltétel hiányzott a kórházalapításhoz, de az Európából, elsősorban Lengyelországból, Ausztriából és Németországból érkező adományoknak köszönhetően 1911-ben felavatták az intézményt, amely ma is működik.
Jan atya mindemellett megszerkesztett egy lengyel – malgas szótárat, és számos missziós cikket is írt. Nem kapta el a leprát, természetes halállal hunyt el a maga építette kórházban 1912. október 12-én. Kilencven évvel később II. János Pál pápa boldoggá avatta.
