1942-ben nem szavazta meg a zsidóság kitelepítéséről szóló törvényt, amely ellen így szólalt fel: „Szégyenletes dolog, hogy egy kormány, amelynek elnöke és miniszterelnöke jó katolikusnak vallja magát, zsidó lakosságát Németországba deportáltatja, a hitleri koncentrációs táborokba. Azért nem szavazok a javaslat mellett, hanem ellene, mert mint magyar és keresztény és mint katolikus a javaslatot istentelennek és embertelennek tartom.”
Válogatás és ítélkezés nélkül küzdött a szükséget szenvedőkért: cseh családokat segített, akik a szlovák hatalom elől menekültek; hatszáz magyarországi szlovák vasutas az ő közbenjárására kapta vissza munkáját Magyarországon. 1945-ben letartóztatták, és átadták a szovjet titkosszolgálatnak. Moszkvába hurcolták, majd koholt vádak alapján Szibériába küldték kényszermunkára. Megtörni azonban nem tudták: a Gulagtáborban fogolytársait bátorította. Egyik levelében így írt: „Minden úgy van jól, ahogy a jó Isten akarja. Ha Ő jónak tartotta ezt, akkor ez nekem is jó. Ki vagyok én, hogy a jó Isten akaratát ellenezzem?”
Az önfeláldozó politikust a szlovák nemzeti bíróság 1947-ben távollétében halálra ítélte. Amikor a Szovjetunió 1949-ben kiadta a csehszlovák hatóságoknak, elnöki kegyelemben részesült, és büntetését életfogytiglani szabadságvesztésre, majd 1955-ben, az általános amnesztia idején huszonöt évre „mérsékelték”. A meggyötört, de meg nem tört keresztény politikus a mírovi börtönben 1957. március 8-án halt meg. 2011-ben kezdeményezték boldoggá avatását. A szlovákiai magyar kisebbség képviselői, a Magyarok Világszövetsége és a magyar kormány támogatásával lánya, Esterházy-Malfatti Alice 1989 novembere óta igyekszik elérni, hogy Esterházy Jánost rehabilitálják Szlovákiában. Csehszlovákia, majd az önállóvá vált Szlovákia hatóságai azonban elzárkóztak – és mind a mai napig elzárkóznak – a „fasisztának” bélyegzett, a zsidók deportálása ellen tiltakozó mártír politikus nevének tisztázásától. Esterházy csendben és magányosan szenvedett, de hangosan és határozottan állt ki az egyetlen, a krisztusi igazság mellett. Élete végéig vallotta: „Ha szenvednünk kell magyarságunkért, panasz és zokszó nélkül tesszük.”
