Teológiai tanulmányait Bécsben végezte, a Pázmáneum kispapjaként. 1916 karácsonyán szentelték pappá. Hittanári működését még Trianon előtt kezdte meg Nagyszombatban, majd Budapesten folytatta, a Szent Szív nővérek nyolcosztályos leánygimnáziumában, a városligeti Szent István Gimnáziumban és a Damjanich utcai tanítónőképzőben. Valósággal forradalmasította a hitoktatást: a középpontban a Biblia behatóbb ismerete állt. Az ó- és újszövetségi párhuzamok értelmezése, számos részlet memoriterként való ismerete, így elsősorban a nyolc boldogság, Szent Pál apostol szeretethimnusza és Szent János evangéliumának első fejezete volt az alap.
A hittanos ismeretek életre váltását szolgálta a diákok beszámolója előző heti karitatív munkáikról, amelyek leírását a tanári asztalra helyezték az óra elejére. József atya minden óra végén adott néhány jótékonysági feladatot, címet, gyűjtési felhívást. A hitoktatás szerves része volt a vasárnapi diákmise a szentbeszéddel. Ő, aki doktori disszertációját a bécsi egyetemen a liturgia tárgyköréből írta, minden diáknak kezébe adta a kétnyelvű misszálét. A szentmise állandó részeinek latin és magyar szövegét minden diák kívülről tudta. A válaszokat már akkor közösen mondták. 1932-től a papnevelés lett a feladata, előbb a budapesti Központi Szemináriumban, majd az esztergomi érseki szemináriumban, ahol 1941 és 1952 között rektor volt. Példaképének Prohászka Ottokárt tekintette, aki 1882 és 1904 között volt tanár és lelkivezető Esztergomban. Prohászka a papképzés terén kezdte el az ország vallási életének megújítását, a liberalizmusból való talpra állítását. Brückner atya, aki a Regnum papi közösségből személyesen is ismerte őt, Esztergomban a szent életű püspök szellemi örökségének folytatását tartotta legfőbb feladatának. Ezt három szóban foglalta össze: Sanctissimum, Sanctissima, Sanctissimus. Vagyis minden katolikus s főképpen a papok élete középpontjában a legméltóságosabb Oltáriszentség rendszeres imádásának, továbbá a Boldogságos Szent Szűz és a Szentatya tiszteletének kell állnia.
Szobája egész nap nyitva állt a kispapok előtt, akiknek atyai barátjuk volt. Személyes kapcsolata volt, mindegyikükkel, sőt szüleikkel és testvéreikkel is. Több olyan papnövendéke is volt akinek szüleit a középiskolában tanította. A családpasztoráció egész papi életének fontos részét képezte. Ezt mindvégig gyakorolta, azután is, hogy 1952. február 1-jén a kommunista államhatalom eltávolította a szemináriumból, és megvonta papi működési engedélyét. Lakhelyéül az esztergomi prímási palota egyik mellékhelyiségből nyíló szobáját jelölték ki. Itt senkit sem fogadott, elsősorban a beszerelt lehallgatókészülékek miatt. De járta az országot, felkereste egykori tanítványainak családját. Naponta csaknem hatvan levelet írt híveinek, amelyek többnyire egy szentírási helyből és egyetlen mondatból álltak: „Tegye szívét a paténára, minden gondját a Szűzanya kezébe!” Imádkozott, éjszakánként virrasztott, gyomorbetegsége ellenére is szigorúan böjtölt, vezekelt nemzetünkért. A Bakóczkápolna, országunk egyik legfőbb kegyhelye Brückner atya esztergomi éveinek legfőbb szentélye volt. Itt tette a Magyarok Nagyasszonya kezébe és szentmiséin a paténára a haza és benne minden lakójának, főképpen sok-sok lelki gyermekének az ügyét, hogy országunk Pannonia Sacra legyen. Mindszenty József bíboros kinevezésétől kezdve rendszeresen látogatta az érseki papnevelő intézetet. Megismerte annak rektorát, Brückner atyát, akit egyre jobban becsült. Elfogatása közeledtével több bizalmas írását gondjára bízta. Brückner atya a prímás 1948. december 26-i elfogatása, az Andrássy út 60.-ban való embertelen kínzása, aljas kirakatpere és életfogytiglani ítélete után is nyíltan megvallotta főpásztora iránti hűségét, és erre buzdította kispapjait is. Ezért kellett távoznia a szemináriumból 1952-ben.
1973. március 25-én, Gyümölcsoltó Boldogasszony ünnepén, a Bakócz-kápolnában bemutatott reggeli szentmise után Budapestre utazott, hogy súlyosan beteg tanítványának feladja a betegek szentségét. Utána találkoznia kellett volna egy pappal, aki a már Bécsben tartózkodó Mindszenty küldötteként érkezett Magyarországra. Erre már nem került sor. Brückner atya és egy tanítványa holttestét a Nagyszombat utca 6. számú óbudai ház udvari lakásából egy hét után hozta ki a rendőrség, jóllehet még március 25-én többen jelentették a III. kerületi rendőrségnek, hogy a zárt ajtó mögül két személy nem ad életjelt magáról. A törvényszéki boncolás jegyzőkönyve nincs a helyén. Harmincöt év után sem tudhatjuk, hogyan távozott az örökkévalóságba a XX. század magyar egyházának egyik kiváló lelkipásztora. Azt viszont tudjuk, hogy Brückner József vetésének gyümölcsei ma is sokakat éltetnek.
