1917. március 2-án Meszlényit főpásztora érseki levéltárosnak és szertartónak nevezte ki. Ebből az időből maradtak fenn a levéltári rendszerrel kapcsolatos feljegyzései. Ezekben az években ismét előtérbe került a katolikus autonómia mozgalom, ennek következtében a plébániákon egyházközségeket építettek ki, amelyeknek tagjai világi személyek voltak, és a plébánia anyagi ügyeinek intézése hozzájuk tartozott.
Meszlényi Esztergomban élte meg a háború befejezését. Az őszirózsás forradalom után Károlyi Mihály 1919. március 21-én puccsszerűen átadta a hatalmat Kun Bélának, és kikiáltották a Tanácsköztársaságot. A kommün 133 napja nem sok dicsőséget szerzett hazánknak, hiszen a terrornak 450 áldozata lett. Közben a szomszédos nemzetek katonái egyre mélyebben benyomultak az ország területére.
Ezekben a napokban Beniczky Ödön, Esztergom vármegye főispánja Bécsbe menekült, Antóny Béla esztergomi polgármester is elhagyta a várost. Csernoch János prímás viszont Esztergomban maradt a rémuralom idején. A prímási palotát lefoglalta a katonaság, két szobát hagytak meg a főpásztornak, majd onnan is távoznia kellett, végül Machovich Gyula kanonok házába költöztették. A Keresztény Múzeum és a Főszékesegyházi Kincstár gyűjteményét államosították. A prímást azonban nem tudták megfélemlíteni. Mindennap sétált a városban, és felment misézni a bazilikába, 1919. június 24-én több budapesti templomot is meglátogatott. XV. Benedek pápa kész volt Rómába menekíteni a magyar főpapot, de Csernoch itt maradt. A Tanácsköztársaság bukását követően megkezdte a romos prímási palota helyreállítását, és az Iparművészeti Múzeumba szállított egyházi műkincseket is sikerült visszaszereznie.
1920. június 4-én a győztes nagyhatalmak Magyarországra kényszerítették a Kis-Trianon palotában létrehozott békét. Főpásztora ebben az évben az Esztergomi Érseki Főszentszék jegyzőjévé, majd még ugyanebben az évben érseki titkárrá nevezte ki Meszlényi Zoltánt.
Ilyen történelmi előzmények után, igen kiélezett helyzetben jelent meg Meszlényi tollából A főkegyúri jog című munkája, amely nagy visszhangot váltott ki.
Meszlényi Zoltán papi működése alatt több pápaválasztó konklávéra is sor került. Amikor 1922-ben elhunyt XV. Benedek pápa, Csernoch János február 2-án részt vett az új, XI. Piusz pápa megválasztásában. A bíboros kíséretében volt Meszlényi is. Főpásztora elégedett lehetett munkájával, hiszen számára az új pápától a létszámfeletti pápai kamarási cím megadását kérte, amit meg is kapott. Az 1922. február 7-ei kérelemben úgy írt róla, mint aki három éven át a lelkigondozásban vett részt, azután a prímási hivatalba került, ahol nagy dicsérettel végzi munkáját. A főpásztor jellemzése szerint konklávista kísérője a várakozásnak teljesen megfelelt. Egyébként is mindig paphoz méltóan viselkedik, és szívből engedelmeskedik a Szentszéknek.
Meszlényi 1924-ben főpásztora kíséretében részt vett a római zarándoklaton, majd 1926 júliusában a nagy érdeklődéssel kísért chicagói Eucharisztikus Világkongresszuson is. Meszlényi így emlékezik főpásztorára: „Ha eucharisztikus körmenetről volt szó, nem hagyta senkinek az Úrmutatót, maga vitte sokszor órák hosszán át. S élete alkonyán az Oltáriszentség dicsősége vonzotta az Óceánon keresztül át Amerikába, a Michigan-tó partjára, az Eucharisztikus Jézus újabb megdicsőítésének színhelyére. Mikor a naponkénti ünnepségek után visszatértünk a chicagói stadionból, a kocsiban szinte áradozott a legtisztább lelki örömtől, hogy megérhette az Eucharisztikus Jézusnak ezt a páratlan ünnepét.”
A hercegprímás orvosai tanácsára 1927 márciusában San Remóba utazott, ahová titkára ugyancsak elkísérte. Csernoch János hazatérése után hamarosan, július 25-én elhunyt. Meszlényi hálával emlékezik meg főpásztoráról, akinek tíz éven át volt egyik legközelebbi munkatársa, és akinek mindennapi miséjénél is segédkezhetett.
