Hivatali idejének legfőbb feladata volt az egyház felépítése a hetven évig tartó kommunista rezsim után.
XVI. Benedek pápa mély fájdalommal értesült II. Alekszij, Moszkva és egész Oroszország pátriárkájának haláláról. Testvéri szeretettel fordult a szent szinódushoz intézett üzenetében az orosz ortodox egyház minden egyes tagjához ebben a rendkívül szomorú pillanatban. Azért imádkozik az Úrhoz, hogy fogadja be az öröm és a béke örökös birodalmába fáradhatatlan szolgáját. Nyújtson vigaszt mindazok számára, akik siratják a pátriárka halálát.
A Szentatya üzenetében felidézi a közös elkötelezettséget, amellyel az ortodoxok és a katolikusok közötti kölcsönös megértésen és együttműködésen fáradoztak, majd emlékeztet az elhunyt pátriárka erőfeszítéseire, amelyeket az egyház újjászületésére tett a kemény ideológiai elnyomás után, amely oly sok keresztény hitvalló vértanúságát okozta. A pátriárka küzdött továbbá az emberi és evangéliumi értékek védelméért, főleg az európai földrészen.
II. Alekszij pátriárka 1994-ben látogatott Magyarországra. Az Országházban elmondott beszédében az orosz nép nevében bocsánatot kért az 1956-os magyarországi szovjet intervencióért. A pátriárka és a magyar egyház kapcsolatának fontos állomásaként Erdő Péter bíboros, a Magyar Katolikus Püspöki Konferencia elnöke az 1956-os forradalom 50. évfordulójára készülve, a nemzet lelki megújulásáért kezdett imaév keretében 2006 februárjában levelet küldött II. Alekszij pátriárkának, aki később Moszkvában fogadta őt. Erdő Péter ekkor az orosz ortodox egyháznak ajándékozta Szent István király ereklyéjének egy részét. Alekszij pátriárka halála alkalmából a magyar egyházfő Kirill metropolitához címzett levélben emlékezett meg a főpapról és fejezte ki részvétét.
Szoros kapcsolatban volt az orosz pátriárkával Várszegi Asztrik püspök, pannonhalmi főapát is. Az Új Embernek nyilatkozva elmondta:
– Alekszij pátriárka halála az egész világ kereszténysége számára fájdalmas veszteség. Nekem személyesen is az, hiszen jó kapcsolatban lehettem vele. Legutóbb két éve látogattam meg őt Moszkvában. Idén december 20. és 23. között, bécsi látogatása alkalmával terveztük a következő találkozást. 1996-ban remény volt rá, hogy II. János Pál pápa pannonhalmi látogatásakor esetleg megtörténhet a Szentatya és a legnépesebb ortodox egyház feje, II. Alekszij pátriárka találkozása. Erre sajnos – különféle okok miatt – nem kerülhetett sor, a katolikus és az ortodox egyház közeledése azonban minden kisebb- nagyobb akadály ellenére tény, és ezt munkálta a pátriárka is.
