Az egyetem, amely kétszer indult

 

 Zsigmond király mellszobra Óbudán

A szervezés lassan haladt. Erre utal, hogy 1395. január 18-án Rómában tartózkodott az óbudai prépost, s csak október 6-án adta ki IX. Bonifác pápa az alapítást megerősítő levelet és az engedélyt Szántai Lukács óbudai prépostnak, hogy az egyetem kancellárja legyen. (A középkori Európában a pápa vagy a császár engedélyezhette egyetem alapítását.)

Minden bizonnyal Óbuda ura, a királyné is támogatta az egyetem életre hívását, ugyanis testvéréhez, a krakkói egyetemet újjászervező Hedvighez hasonlóan a királynéi épületeket adhatta a prépostságiak mellé.

Közben, még a római jóváhagyás idején meghalt Mária királynő. Tovább bonyolította a helyzetet, hogy Szántai Lukács kancellár 1397 márciusában a váradi püspökség élére került. Főpásztori pecsétjén azonban szerepelt óbudai kancellársága.

Az egyetem életének első szakasza a XV. század elején ért véget, amikor Borbála személyében új királynét koronáztak, aki igényt tarthatott óbudai palotájára. A következő évben, 1406-ban Lukács kancellár meghalt, s ez végzetes lehetett az egyetemre. Közben azonban olyan események történtek, amelyek az óbudai egyetem kiépítését, újraindítását lehetővé tették.

A huszitizmus terjedésének idején járunk, amikor a prágai egyetem rangban fölsorakozott más európai intézmények mellé, s ennek nyomán Zsigmond még inkább érezhette a magyarországi egyetem hiányát. A szövevényes történelmi-hatalmi helyzetben – magyar és olasz tudósok megegyező álláspontja szerint – az óbudai egyetem újraindítása huszitaellenes lépés lehetett Zsigmond király és Branda Castiglione piacenzai püspök, bíboros részéről. Zsigmond király Brandát – talán jutalmul – megtette a veszprémi püspökség adminisztrátorává, ahová akkor Óbuda is tartozott. Több nyoma van annak, hogy Óbudán valóban folyt egyetemi oktatás. Lambert prépost, egyetemi kancellár maga tanította a kánonjogot. Heinrich Melmeister professzor vörös márvány sírköve Budaszentlőrincen maradt meg. Hosszabb-rövidebb ideig megfordult Óbudán a prágai egyetem orvosprofesszora, a morva Unicovi Albik, és Pesti Bereck is, aki később a bécsi egyetemre került, hasonlóan Temesvári Miklós óbudai baccalaureushoz.

A konstanzi zsinaton küldöttség képviselte az óbudai egyetemet. Mind a négy kar (teológiai, egyházjogi, orvosi és talán művészeti) küldött delegátusokat. Zsigmond számára fontos volt, hogy Óbudáról többen legyenek jelen, mint a régebbi alapítású és nagyobb hírű prágai egyetemről.

A zsinat után az óbudai egyetemről már nem található semmiféle adat, Zsigmond 1437-es halálával az intézmény minden bizonnyal elhalt. Híre azonban fennmaradt, az egyetem címere szerepel egy évtizedekkel későbbi kéziratban. Zsigmond uralma végén a művelődés központját már inkább a királyi kancellária jelentette, felső tanulmányokra külföldi, elsősorban a bécsi egyetemre utaztak a diákok.