A második világháború után hatalomra kerülő proletárdiktatúra nem tűrt el tőle független eszméket és szervezeteket, s minden eszközzel ezek megsemmisítésére vagy legalább szoros ellenőrzésére törekedett. Az ötvenes évek végén még csöppet sem puha diktatúra is azon dolgozott, hogy a Magyarországon működő egyházakat ellehetetlenítse, közéleti szerepüket megsemmisítse. A pártállam a külső nyomás mellett belülről, a papságot megosztva is igyekezett gyengíteni, hitelteleníteni az egyházi közösségeket. Hála Istennek, a legkilátástalanabb helyzetben is akadtak emberek, akik kellő hittel, bátorsággal szálltak szembe a durva elnyomással. A történet egyik kulcsszava, a „béke” érzékletesen tükrözi a pártvezetés cinizmusát. A „békepapság” létrehozásával olyan szerveződést próbáltak kialakítani a katolikus egyház keretein belül, amelynek segítségével befolyásolhatták az egyház működését. A katolikus egyház vezetői először természetesen igyekeztek elszigetelni az egyházüldöző hatóságokkal együttműködő elvtelen, karrierista vagy egyszerűen megfélemlített, megzsarolt papokat – vezetőik közül többet ki is közösítettek -, az évek során azonban egyre kiszolgáltatottabbá váltak a pártállam erőszakosságával szembe.
Az 1958. május 19-re meghirdetett békegyűlés vezető előadójának látványos provokációként a korábban kiközösített Beresztóczy Miklóst jelölték ki. Az eseményre meghívást kaptak a budapesti Központi Szeminárium növendékei is, akik azonban csak csekély számban jelentek meg. A júniusban meghirdetett második gyűlésen ugyanez ismétlődött meg. Az Állami Egyházügyi Hivatal (ÁEH) elérkezettnek látta az időt a beavatkozásra, s arra kényszeríthette a rektort, hogy a lázadás megtorlásaként azonnal kizárja a teológiáról a három fő diákvezetőt, Bán Endrét, Krichenbaum Józsefet és Tabódy Istvánt. Az illetékes püspök, Endrey Mihály azonban a hallgatók cselekedetét helyesnek minősítette, és visszavonta a rektori ítéletet. Néhány hét múltán Ortutay Gyula előadására invitálták a teológusokat. (Mint ismert, kultuszminiszterként 1948- ban Ortutay vezényelte le az egyházi iskolák államosítását.) A kispapok közül senki nem ment el az előadásra. Az ÁEH-ba berendelt teológushallgatók hiába próbálták megértetni, hogy ők nem az állammal állnak szemben, hanem a Szentszék által kiközösített békepapokkal. Tabódy István, a kispapok vezetője kijelentette: „Nem zárkózunk el az új élet eszméinek megismerése elől, de kérjük, hogy erre a szemináriumban kerüljön sor, és olyan papok révén, akik ellen az egyháznak nincs kifogása.” A hivatal képviselője erre kifejtette, nem tűrik tovább a kispapok rendszerellenes viselkedését.
1959. január 23-ra jubileumi ünnepi gyűlést terveztek a békepapi mozgalom fő szervezői. Az egyház vezetésében megoszlottak a vélemények, miként viszonyuljanak ehhez az újabb kihíváshoz. Egyesek amellett voltak, hogy a meghívottak jelenjenek meg, mások ezt ellenezték. A szemináriumban Tabódy azt mondta: mindenki cselekedjék lelkiismerete szerint, „annak tudatában, hogy a kereszt nemcsak elmélkedésünk tárgya lehet, hanem a vállunkra is kerülhet”. Végül összesen három kispap ment el a gyűlésre. Az állam fokozta a nyomást az egyház vezetésére, s az rákényszerült, hogy a szeminárium tanári karából eltávolítsa Papp Imre spirituálist, Takács Nándor karmelita szerzetest és Huber Frigyes énektanárt. „Bűnük” az volt, hogy kiálltak az újabb engedetlenség miatt kizárásra kiszemelt tizennégy teológus mellett. A hallgatók ezúttal is szolidaritást vállaltak pellengérre állított társaikkal, és közösen benyújtottak egy memorandumot a püspöki karhoz, amelyben leírták, őket valójában nincs miért elmarasztalni, mivel a meghívás csak az elöljáróknak volt címezve. Kijelentették, hogy készségesen elmennének olyan gyűlésre, amelyet a Pax Christi keretében a püspöki kar hív össze, és az emelvényen csak a püspöki kar tagjai ülnek. A hangadók kiemelésének megakadályozására minden egyházmegye képviselője aláírta a szöveget.
Az Állami Egyházügyi Hivatal kapva kapott a lehetőségen, hogy így nem kellett bajlódniuk a vezetők azonosításával. Ehelyett a nyolcvanöt kispapból hetvenötöt kizártak a szemináriumból. Úgy tűnt, a pártstratégák elérték céljukat, mivel egyrészt sikerült ellentéteket támasztaniuk az egyházon belül, másrészt a Központi Szeminárium lényegében kiürült, s így megteremtették az ürügyet, hogy az egyháztól elvehessék a kihasználatlan épületet. Azzal azonban nem számoltak, hogy a külső fenyegetés minden közösséget inkább egységbe kovácsol. A püspöki kar tagjai különböző módszerekkel próbálták menteni a menthetőt. Grősz József kalocsai érsek és Hamvas Endre csanádi püspök a kormánynál igyekezett elérni, hogy harminc-negyven főt vissza lehessen helyezni a Központi Szemináriumba. Azonban csak a politikusok halogató taktikájával szembesültek. Shvoy Lajos székesfehérvári püspök viszont a kialakult helyzet súlyát felmérve úgy ítélte meg, hogy az egész egyházat megrendítő csapást megakadályozandó radikálisabb lépésekre van szükség. A pap utánpótlásáról mindenképpen gondoskodni kellett, ezért Shvoy püspök megbízta Tabódy Istvánt, hogy szervezze meg a kizárt szemináriumi növendékek illegális oktatását és vizsgáztatását. Bár a feladat veszélyes volt, Tabódy rögvest hozzákezdett a tervezéshez. Segítőivel – akik közül Rédly Elemért hűsége és elképesztő mennyiségű munkája miatt mindenképen ki kell emelni -, rengeteg szervezéssel 1959 októberére megteremtette a lehetőséget az oktatás elindítására. Arra is kiterjedt a figyelme, hogy a kizárt hallgatóknak segítsen a lakáshoz jutásban, az elhelyezkedésben, sőt, némi anyagi támogatást is sikerült szereznie. Állami nyomásra kirúgott nagynevű professzorok – Petruch Antal, Mócsy Imre és Bálint József – vállalták a vizsgáztatást.
Az állam által nem engedélyezett titkos papszentelés nemcsak kockázatos volt, de egyházjogi kérdéseket is fölvetett. A püspökök ugyanis csak saját egyházmegyéjük számára szentelhetnek papokat. Az esztergomi főegyházmegye kormányzójaként az amerikai nagykövetségen belső száműzetésben élő Mindszenty Józsefet helyettesítő Endrey Mihály püspök végül engedélyt adott Tabódynak, amivel ő egyházi jóváhagyással megszervezhette a szenteléseket. Az esetleges megtorlások ellenére több püspök is vállalta a feladatot. A legtöbb kispapot Zadravetz István egykori tábori püspök szentelte, de Papp Kálmán győri, Shvoy Lajos székesfehérvári püspök és Szabó Imre segédpüspök is végzett titkos szentelést.
Miközben úgy tűnt, hogy a szinte szó szerint a föld alá kényszerített egyházi oktatás eredményesen védte ki az állami támadást, az állami hatóságok nyomára jutottak a titkos szemináriumnak. Tabódy István folyamatos rendőri megfigyelés alatt állt, nem csoda, hogy nem sikerült mindent titokban tartani. A politikai rendőrség végül feltárta az illegális szeminárium és a titkos papszentelések Tabódy által szőtt bonyolult rendszerét. 1960. december 29-én megkezdődtek a házkutatások és letartóztatások. Tabódy István nem először került a kommunista rendszer börtönébe. A negyvenes évek végén már négy és fél évre internálták, amiből négy évet a recski bányában töltött, ahol megtapasztalhatta az őrök brutalitását és a legváltozatosabb kínzásokat. Tabódy István elhivatottságával, bátorságával és hitével olyan fiatalembereket segített a papsághoz, akik alkalmasak voltak, és készen is álltak rá, hogy bármilyen nehézségek között is híven képviseljék a krisztusi tanítást, és részt vállaljanak az egyház megújításában.
