Jóllehet Lisszabon és Porto is szerepel az útitervben, a fatimai kegyhely a mostani pápai látogatás fő helyszíne. XVI. Benedek a harmadik pápa – VI. Pál és II. János Pál után –, aki Fatimába zarándokol. Különös jelentőséget ad ennek a zarándoklatnak az a tény, hogy 2000-ben éppen Ratzinger bíboros kommentálta teológiailag az akkor nyilvánosságra hozott, úgynevezett harmadik fatimai titkot. Tehát a Szentatya – teológiai és spirituális tekintetben is mélyen ismeri Fatima üzenetét. A zarándok pápa megemlékezik majd arról a merényletről, amelyet II. János Pál pápa szenvedett el 1981. május 13-án a Szent Péter téren, a Fatimai Szűz liturgikus emléknapján. XVI. Benedek pápa apostoli látogatásának mottója: „Veled együtt haladunk a reményben.” A portugál egyház a remény jele kíván lenni az egész nemzet számára. A látogatás azonban nemcsak a fatimai kegyhelynek, hanem egész Portugáliának szól. 11-én délben az 1502-ben épült Jeromos-kolostorban fogadják a pápát, aki később a hívő katolikus Anibal Cavaco Silva köztársasági elnöknél tesz udvariassági látogatást. Az 1926-tól 1974-ig tartó jobboldali Salazardiktatúra óta az ország politikai helyzete stabilizálódott. Az Európai Unióhoz 1986-ban csatlakozott, mely mostanáig jelentős gazdasági fejlődést biztosított. A 92 négyzetkilométernyi ország hazánkhoz hasonlóan tízmilliós lakosságának 94 százaléka katolikus hívő. XVI. Benedek a Terreiro do Paco téren bemutatott szentmiséjén találkozik először nagyobb embersereggel. Innen üzenetet intéz az almadai Krisztus király-szentély alapításának ötvenedik évfordulóját ünneplőkhöz. Május 12-én a kultúra világának képviselőivel találkozik a pápa a belémi kulturális központban. Utána a szocialista José Sócrates miniszterelnökkel találkozik a nunciatúrán. Ezt követően repülőgépen indul Fatimába, ahol a jelenések kápolnájában imádkozik, majd papokkal, szerzetesekkel, szeminaristákkal és diakónusokkal együtt végzi a zsolozsma vesperását a Szentháromság-templomban. Este rózsafüzért imádkozik a jelenések kápolnájában. A látogatás csúcspontja 13-án a fatimai szentély előtti téren bemutatott pápai szentmise lesz. Délután a karitatív szervezetek képviselőivel találkozik, majd egy lelkigyakorlatos házban a portugál főpásztorokkal.
Május 14-én Portóban, a 260 ezer lakosú kikötővárosban bemutatott szentmise zárja a lelkipásztori látogatást és zarándoklatot.
