Ferenc apja, Pietro Bernardone posztókereskedő Assisi egyik leggazdagabb embere volt. Franciaország iránti tiszteletből Francescónak, kis franciának becézte fiát.
A léha életet élő ifjú fogságban volt Perugiában – ami ellen az assisiek háborút viseltek –, amikor először gondolkodott el „magasabb rendű dolgokról”. Később egy Dél-Itáliába induló hadjáratról visszafordult, útközben pedig egy szegény lovagnak ajándékozta pompás ruháját. Ettől kezdve gyakran látták a város mellett lévő leprásházban, ahol a legalantasabb szolgálatokat is ellátta.
Eljött az óra, amikor már nem kerülhette el a világgal, elsősorban az apjával való összeütközést. Egy nap minden búcsúzás nélkül, egy lóval és egy vég posztóval eltűnt a házból. Apja kerestette, később följelentette, de ő a tárgyaláson a püspök lába elé tette apjától kapott ruháját, erszényét, és így kiáltott: „Örömmel adom vissza apámnak azt, ami az övé; mostantól fogva nem azt akarom mondani: »atyám, Bernardone«, hanem azt mondom: »Miatyánk, ki vagy a mennyekben!«”
Lelkisége vonzotta az embereket, egyre többen csatlakoztak hozzá. A Szent Miklós-templomban ki volt téve az evangéliumoskönyv, hogy bárki olvashassa. Ferenc felütötte a könyvet, és erre a helyre talált: „Ha tökéletes akarsz lenni, menj, add el, amid van, és oszd szét a szegények között!” (Mt 19,21) Így kiáltott: „Testvérek! Ez a mi életünk! Ez a mi regulánk! Menjetek, tegyétek meg, amit hallottatok!” Ez 1209. április 15-én történt, amely nap a ferences rend születésnapja lett.
Néhány évvel később Ferenc elérkezettnek látta az időt, hogy pápai jóváhagyást kérjen közössége számára. A pápa először túlságosan szigorúnak tartotta életmódjukat, ám egyik bíborosa figyelmeztette: „Ez az ember csak azt akarja, hogy engedjük az evangélium szerint élni! Ha úgy határoznánk, hogy ez felülmúlja az ember képességeit, magára Krisztusra hoznánk szégyent!”
Az 1220. évi pünkösdi káptalanon küzdelem indult a rend belső egységének megőrzéséért. Csak egy kisebbség tartott Ferenccel, ezért még abban az évben lemondott a rend vezetéséről, és visszavonult. A Szent Kereszt felmagasztalásának napján megjelent előtte egy angyal, és utána a testén láthatóvá váltak Krisztus sebei, a stigmák.
Testben megtörten, többféle betegséggel érkezett vissza Assisibe, mégis minden reggel vidáman énekelte az Istent és a teremtést dicsérő Naphimnuszt. Amikor megtudta, hogy az orvosok szerint közeleg számára a vég, megáldotta testvéreit, és megkérte őket, hogy vetkőztessék le, fektessék a földre, mert azt akarta, hogy a végső szegénység legyen a halotti ruhája.
