De legközelebb, 1954-ben már azzal a művével lép az olvasók elé, amely egész életművének jelképe lett. A Legyek Ura történetét egy érett író és gondolkodó szövi, olyan világot alkotva keserű filozófiai végkövetkeztetése megfogalmazásához, amely a modern angol olvasó, de egyáltalán a XX. századi olvasó számára gyermekkorától kezdve ismerős.
Mindannyiunk képzeletének paradicsomi színhelyén: egy varázslatos természeti adottságokkal rendelkező, déltengeri „lakatlan szigeten” hattizenkét éves, jól nevelt angol iskolás fiúk körében játszódik le a tragikus eseménysor, amellyel az emberiség két nagy választási lehetőségét jeleníti meg a szerző. A következetesen és nagyon valósághűen felépített cselekmény bemutatja, hogy a leggyanútlanabb, minden előzetes elképzelés nélkül formálódó gyermektársadalom számára is csak két út adódik: az egyik a szelídség és megértés útja, amely az élethez, a másik a hatalom és erőszak útja, amely a pusztuláshoz, a halálhoz vezet. Az író nem csupán felvillantja ezt a két alternatívát, de azt is láttatja, hogy a kettő közül legtöbbször azért válik uralkodóvá az utóbbi, mert míg az élet hőseit a maguk és társaik érzelmei, gondolatai irányítják, ezáltal az emberi esendőséget belátó és elfogadó személyek, addig a hatalom és erőszak hívei kiméletlen, a többi embert eszközként használó, önmagukat mindenki fölé helyező lények. Rögeszmés céltudatosságuk korlátolttá és érzéketlenné teszi őket, amitől persze gátlástalanabbak és hatékonyabbak lesznek ellenfeleiknél.
Golding legjobbnak tartott műve, A Legyek Ura egyben vitaregény is: válasz R. M. Ballantyne angol írónak A korallsziget című, nagy sikerű XIX. századi ifjúsági regényére, amelynek hősei Ralph, Jack és Peterkin beteljesítik az elvárást, melyet az angol birodalom saját ifjúságával szemben megfogalmazott: hajótöröttként, egy lakatlan szigeten is képesek az angol gentleman eszményképéhez méltón, hősökként viselkedni.
A Legyek Urának főszereplői, akik Golding félreérthetetlen szándékából ugyanazon neveket viselik, mint korallszigeti elődeik, a két világháborút megélt emberiség önkritikus, kiábrándult szemléletének szülöttei: történetükben erőtlennek bizonyul a törvény által szabályozott „demokratikus” közösség, képviselőik kiszolgáltatottá válnak és elpusztulnak a fölébük növő, fanatikus hatalom kezétől. Az, hogy végül egy is megmenekül közülük, csak az elvakult ostobasággal felgyújtott szigetre érkező tengerésztisztnek köszönhető, aki körül valóságos hadseregként sorakozik fel az elvadult játékra szerveződött, gyilkos kölyökhad.
William Golding illúziók nélküli látásmódjára vall, hogy a gyermekháború tragédiájának kiteljesedését éppen egy, a felnőttek háborújában részt vevő haditengerész akadályozza meg. Az emberi bekerítettséget sugallja az a mozzanat is, hogy a gyerekek számára a felsőbb, ismeretlen hatalmat jelképező „szörny” nem más, mint egy lelőtt, a szigetre sodródott ejtőernyős katona, akinek a tetemét a sziklákba akadt kötélzet révén ijesztően rángatja a szél.
Ismert, hogy Golding „humanista pesszimizmusát” a második világháborúban leszolgált katonaévei alapozták meg. Legfontosabb írói szándéka mind a tizennégy regényében az, hogy bemutassa a jóra való törekvések, az egész emberi civilizáció kiszolgáltatottságát az emberben lakozó vadállatnak: az erőszaknak és a hamisságnak, a mindenek fölötti uralmi vágynak. Nagy írói sikereit, az 1984-ben neki ítélt Nobel-díjat is ennek a keserű, de elfogultan a kiszolgáltatottak oldalán álló szemléletének köszönheti.
Regényeiben nagy lélekábrázoló képességről, az érzelmek és a képzelet világának pontos ismeretéről tesz tanúbizonyságot. Hőseinek sosem keres kibúvót, mentséget; őszintén bemutatja, hogy mindaz a rossz, mindaz a fájdalom, ami az életet megkeseríti, legtöbbször belőlünk fakad, s az emberi agresszivitás, a szeretet hiányának következménye.
Gondolkodóként egyformán tiszteli a józan ész, a racionalizmus hagyományait és a keresztény eszmevilágot. Modern történelmünk súlya azonban ránehezül e hagyományra, és végleg megfosztja a mai embert attól a megalapozatlan derűlátástól, amellyel a XIX–XX. század fordulóján, saját tudományos és technikai eredményeit túlértékelve a jövőbe tekintett. William Golding egész munkássága arra figyelmeztet, hogy az ember egymaga – Isten segítsége nélkül – képtelen átlépni a saját árnyékát.