Egyénisége, lelkisége, nevelési módszere, a szegényekről való gondoskodása, a betegek látogatása maradandó hatást gyakorolt tanítványaira és híveire. Védte az üldözötteket, ezért zaklatta a román csendőrség. Fenyegették a nyilasok, mert zsidókat bújtatott és mentett meg a haláltól. A Merici Szent Angéla orsolyita harmadrend alapításával a keresztény családokat kívánta erősíteni. Tevékenyen részt vett a szatmári-nagyváradi egyházmegye vezetésében. Az egyházüldözések várható fejleményeit látva Róma engedélyezte a püspökök titokban való felszentelését. Bogdánffy Szilárdot a bukaresti nuncius 1949 februárjában szentelte püspökké. Amikor a kommunista hatóságok a katolikusokat román nemzeti egyházzá akarták alakítani, határozottan tiltakozott. Az elsők között tartóztatták le; négy évet töltött az ország legszigorúbb börtöneiben és a Capul Midia-i haláltáborban; sokat kínozták. A börtönben rabtársai vigasza volt. Naponta kereste a szeretetszolgálat lehetőségeit: elrejtett kenyérdarabokat adott a legyengültnek, cigarettát a dohányosnak, más helyett cipelte a nehéz zsákokat. Ezért a börtönőrök többször megverték. Ellenállása miatt a hatóságok, hazaárulással vádolva, tizenkét évi kényszermunkára ítélték. Tüdőgyulladást kapott; a börtönorvos nem adott neki gyógyszert. 1953. október 2-án halt meg Nagyenyed börtönében. Az egyházhoz való hűségéért szenvedett. Halála vértelen vértanúság volt. 1992 márciusában Tempfli József megyés püspök indította el Bogdánffy Szilárd boldoggáavatási ügyét. A Szentszék elfogadta és engedélyezte az „Isten szolgája” cím használatát.
