Tizenegy nappal Lengyelország lerohanása után, 1939. szeptember 11-én a Gestapo tisztjei letartóztatták az esperesi kerület valamennyi papjával együtt. A következő napon szabadon engedték őket, Stefan Frelichowski kivételével. E megkülönböztetés oka minden bizonnyal a cserkészmozgalomban végzett munkája volt, amivel nagy hatást gyakorolt az ifjúságra. Később őt is elengedték.
Egy hónappal később tömeges letartóztatások kezdődtek Toruńban. Stefant hétszáz egyházi és civil személlyel együtt ismét elfogták. Heteken keresztül a város szélén kialakított gyűjtőtáborban raboskodott, majd kétszáz társa kíséretében a Stutthofban felállított koncentrációs táborba szállították. A letartóztatott lengyel egyházi személyek nagy része szintén ott raboskodott. Több fogolytáborban is eltöltött hosszabb-rövidebb időt: 1940 tavaszán a grenzdorfi munkatáborba vitték, majd vissza Stutthofba, ahonnan három nap elteltével továbbutaztatták a németországi Sachsen hausenbe. Végül 1940 decemberében átszállították a dachaui lágerbe. Frelichowski a borzalmas körülmények ellenére is folytatta lelkipásztori munkáját. A rendszeresen kitörő tífuszjárványok ellen a nácik semmilyen orvosi intézkedést sem tettek. Azokat a barakkokat, ahol kitört a járvány szögesdrótokkal kerítették körbe. Frelichowski mindennek dacára sikeresen megszervezte a súlyos betegek ellátását, és harminckét paptársát mozgósította a betegek kenetének feladására. A haldoklók ápolása során ő is megfertőződött. A háború utolsó telének végén tüdőgyulladást kapott, és ezt a legyöngült szervezete már nem viselte el, 1945. február 23-án meghalt. A táborparancsnok kivételesen megengedte, hogy a krematóriumba küldés előtt még felravatalozzák a holttestet.
Stefan Wincenty Frelichowskit II. János Pál pápa avatta boldoggá 1999-ben. Ő a lengyel cserkészek védőszentje.
