Ám ha jobban körülnéz a belső vár területén, a hatalmas udvar keleti részén egy nagyméretű romot vesz észre: a kora középkori püspöki székesegyház romjai ezek, amelyeket hosszú évek gondos régészeti feltáró és helyreállító munkája hozott felszínre. Feltehetően Szent László király idejében, a XI. század végén készült el a háromhajós – Szent János evangélista tiszteletére szentelt – első székesegyház, amelynek egyes részletei láthatók a várudvaron.
A templom eredetileg román stílusban épült. „Árpád-kori formája Magyarországon szélesebb körben elterjedt típust követett: háromhajós, pilléres bazilika volt kereszthajó nélkül, szentélye három apszissal zárult – írja rövid ismertetésében Tóth Melinda. – Csekély számú ismert részletformájából ítélve jelentős építkezések folyhattak rajta a XII. század vége felé s a századfordulón; a munkálatokban az 1204-ben ide temetkező Imre király részvétele sejthető; temetését hamarosan fiáé: III. Lászlóé követte.”
A székesegyházból származó faragványok, töredékek arra mutatnak, hogy a templom kora gótikus stílusú építése, belső berendezése aligha lehetett teljesen kész a királyok temetésének idején. „A feltárások tanúsága szerint a hosszházat már a 13. század második felében nagyszabású átalakítások érték. A XIV-XV. században a templom nyugati toronypárral bővült, és román kori szentélyfeje átadta helyét egy tágasabb, körüljárós rendszerű és a XV. század végén ismét átépített szentélynek. A középkori székesegyház a török időkben áldozatul esett az erődítési, várvédelmi munkálatoknak és a hadi eseményeknek, köveit a XVIII-XIX. század folyamán széthordták.”
A püspökség alapításáról a hagyomány azt tartja, hogy Szent István király a közelben lévő dombról szemlélte az általa kezdeményezett építkezéseket. Ezt a helyet a mai napig Királyszékének nevezik. A várudvar észak felőli oldalán állott a püspöki palota, nyugatról pedig az egykori kanonoki házak sorakoztak, amelyekben különböző hivatalok, kisebb raktárak és néhány lakás kapott helyet. Ma mindez már csak részben látható. De a székesegyház a feltárt alapfalak és építészeti párhuzamok segítségével rekonstruálhatóvá vált, s ezért sikerült egy olyan makettet készíteni – ez látható is a várbeli kiállításon – amely képes elhitetni velünk, amit egyes kutatók állítanak: e katedrális nagyságát az építése idején csak a kölni dóm múlta felül.
