Visszaemlékezését a szentatya azzal a történettel kezdte, hogy miként került kapcsolatba a zsinattal. 1959-ben a bonni egyetem professzorává nevezték ki. Itt ismerkedett meg a kölni érsekkel, Frings bíborossal. Két évvel később a genovai érsek, Siri bíboros más európai bíborosokkal értekezletsorozatot rendezett a zsinatról, amelyre meghívta a kölni érseket is. Frings bíboros őt, a legfiatalabb professzort kérte fel arra, hogy beszédtervet készítsen számára. Ez a beszéd hangzott el később a genovai értekezleten.
Nem sokkal ezután a bíborost magához hívatta XXIII. János pápa. Amikor meglátta, megölelte, és ezt mondta neki: „Bíboros Úr, köszönöm, ön éppen azt mondta, amit én szerettem volna mondani, de nem találtam meg a megfelelő szavakat.” Frings bíboros ekkor felismerte, hogy helyes úton járnak, és szakértőként magával vitte őt a zsinatra. 1962 novemberében pedig hivatalos teológus-szakértői kinevezést kapott.
A szentatya felidézte azt a lelkesedést és várakozást, amellyel a zsinati ülésszakra érkeztek. Mindannyian azt remélték, hogy új pünkösd köszönt be, új szakasz kezdődik az egyház életében. Akkoriban még erőteljes volt az egyház, sokan jártak vasárnap szentmisére, megfelelő számban voltak papi hivatások, csak a szerzetesek aránya kezdett csökkenni. Mégis úgy érezték, az egyház nem megy előre, és inkább a múlthoz tartozik, semmint a jövő hordozója.
„A zsinat idején azt reméltük – emlékezett vissza XVI. Benedek –, hogy minden megváltozik, az egyház feltöltekezik a jövőhöz szükséges erővel”, és rendeződik a modern világhoz fűződő kapcsolata. Az egyházatyák bíztak abban, hogy a kezdetben elkövetetett hibák megoldásával – például a Galilei-kérdés tisztázásával – új kapcsolat alakulhat ki a világ jó irányba ható erőivel, s az egyház megnyílhat az emberiség jövője és az igazi fejlődés számára. A szentatya a zsinatról szóló megemlékezésében felidézte, hogy az egybegyűlt egyházfők előtt ott lebegett a római szinódusok rossz példája, ahol a püspökök egyszerűen aláírták az előre elkészített szövegeket. A II. vatikáni zsinat első napján az egyházatyák kijelentették: „Nem akarjuk megszavazni a bizottságok tagjainak előre elkészített névsorát.” Az volt a kívánságuk, hogy jobban megismerhessék egymást. „Mindez nem forradalmi gesztus volt, hanem a felelősségtudat gyakorlása” – mondta Benedek pápa. A kölcsönös ismerkedés során mind jobban kirajzolódott több nagy egyházi személyiség alakja, ilyen volt például Henri de Lubac, Jean Daniélou és Yves Congar. Már önmagában véve ez is az egyház egyetemességének megtapasztalását és konkrét valóságának felismerését jelentette.
Az egyházatyák mindenhonnan nagy várakozásokkal érkeztek a zsinatra, de sokan nem tudták pontosan, mit kell tenniük. A határozottabb irányvonalat képviselő püspökségek tagjai között a pápa megemlítette a francia, belga, német és holland főpásztorokat, illetve az úgynevezett rajnai szövetség küldötteit. A zsinat első szakaszában ők jelölték ki a követendő utat, de a kör egyre szélesedett, és mind többen kezdtek részt venni a zsinat kreatív munkájában.
Az első vitatéma – a liturgikus reform – a két világháború között Nyugat-Európában kibontakozott liturgikus mozgalomból indult ki. Az volt a cél, hogy a liturgiában párbeszéd alakuljon ki a pap és a nép között, s így az aktív részvételnek köszönhetően a hívekhez eljussanak a liturgia gazdag értékei, és újra felfedezzék azokat. A zsinati liturgikus konstitúció alapelvei a szövegek érthetősége és a hívek tevékeny részvétele voltak. Ám sajnos ezeket az elveket is félreértették. Az érthetőség ugyanis „nem egyszerű, mert a liturgia szövegei, még ha, hála Istennek, anyanyelven hangzanak is el, nem könnyen érthetők”. Szükség van „a szív állandó képzésére”, hogy a misztérium mélyére hatolhassunk. „Ki állítaná, hogy azonnal megérti a bibliai szövegeket, még ha saját anyanyelvén hallja is azokat?”
A zsinat második nagy témája az egyház volt – nem jogi értelemben vett szervezetként, hanem élő valóságként. Már akkoriban is sokan hirdették, hogy „az egyház mi vagyunk”, s ez természetesen igaz is, ha a kijelentést így bővítjük ki: „Az egyház Krisztussal együtt mi, hívők vagyunk, nem csupán egy csoport, amely kijelenti magáról, hogy ő az egyház.” Arról van tehát szó, hogy minden idők a világ különféle helyein élt és élő hívői közé tartozunk.
A harmadik téma a kinyilatkoztatásról szóló tanítás volt. A zsinat – főként a későbbi VI. Pál pápa kezdeményezésére – világossá tette, hogy az egyház nem áll Isten szava fölött, de az Írás az egyház nélkül csupán egy könyv, amely többféleképpen értelmezhető, és nem nyújt végső világosságot. Az isteni kinyilatkoztatásról szóló konstitúció végül „a zsinat egyik legszebb és leginnovatívabb dokumentuma lett. Csak ha látjuk, hogy a Szentírás végső soron nem emberi szó, hanem Isten szava, akkor tudjuk jól értelmezni” – fogalmazott a pápa, aki ezt írta Jézuskönyve bevezetésében: „Még sokat kell tennünk azért, hogy a Szentírást a zsinat szellemében olvassuk.”
A Nostra aetate kezdetű dokumentummal kapcsolatban XVI. Benedek elmondta, hogy a zsidó megfigyelők kezdettől fogva jelen voltak a zsinaton. „Többek között hozzánk, németekhez intézték a következő szavakat: »A náci évtizedek szomorú eseményei után a katolikus egyháznak szólnia kell az Ószövetségről és a zsidó népről. Ha az egyház nem is volt felelős a soáért, keresztények követték el azt.«” Az arab világ püspökei ugyanakkor bizonyos értelemben az Izraeli Állam megdicsőülésétől féltek. Mindenesetre a közel-keleti püspökök is jónak és szükségesnek fogadták el, hogy teológiai nyilatkozatban szóljanak a zsidó népről. Ez a zsinati dekrétum lett az alapja a harminc évvel későbbi vallásközi párbeszédnek.
Annak idején a média úgy ítélte meg, hogy a zsinat mellett működik egy második, „virtuális” zsinat is. Ez nem valóságos hitbeli esemény volt, hanem az egyház különböző szárnyai közötti hatalmi harc. Mára a „virtuális zsinat” már a múlté, az igazi zsinat azonban spirituális erejének teljében áll előttünk. „A római papságnak is az a feladata, hogy az igazi zsinat valósággá váljék, és az egyház csakugyan megújuljon – fogalmazott XVI. Benedek pápa azon a találkozón, amelyen utoljára szólt a római egyházmegye papságához.
