Mindemellett megmarad a jelenlegi kétciklusú (BA-, MA-) képzés is, sőt, adott esetben a két rendszer átjárhatósága is biztosított.
A tanszék más egyetemek és főiskolák kurzusaira kredittel elismerhető áthallgatást is lehetővé tesz, ami további szakok (például hittanári szak) felvételét segítheti elő. (Jelenleg a KRE és a PPKE Hittudományi Karán, valamint a Sapientia Szerzetesi Hittudományi Főiskolán folytathatók ilyen tanulmányok.)
A két-, illetve egyciklusú képzés után az egyházzenei doktoriskolában lehet továbbtanulni, majd egyházzenei DLA-doktorfokozatot szerezni.
Az egyházzenei képzésben lehetőség van a korábban elkezdett ének- vagy hangszeres tanulmányok (vonós, fúvós) társhangszerként történő folytatására, illetve annak egyházzenei (kamarazenei) alkalmazására. A korábban megkezdett orgonista tanulmányokat a Zeneakadémián nemcsak a „klasszikus” orgonaművész tanszakon, hanem az egyházzenész-orgonaművész szakirányon is lehet folytatni. Az utóbbi képzésben részt vevők az egyházzene tanszéken nem csupán a hagyományos liturgikus orgonista feladatok (énekvezető kántor) magas szintű művészi ellátására készülnek fel, hanem a gazdag istentiszteleti orgonarepertoárba is betekintést kapnak. A karvezetés iránt érdeklődők a többszólamú egyházi zene vezénylése mellett speciális gregoriánvezénylés-kurzusokon vehetnek részt.
Bővebb tájékoztatás olvasható a www.egyhazzene. hu honlapon, ahonnan az egyetem képzéssel kapcsolatos hivatalos weboldalai is elérhetők.