A Rómában tanult és több külföldi egyetemen is vendégprofesszorként tanító, kiváló egyházjogászt főpásztorként is számos tudományos elismerés kísérte az elmúlt évtizedben, és előadásai, könyvei is figyelmet keltettek. 2003. április 14-én Schweitzer József főrabbival közösen tartott emlékezetes előadást a Mindentudás Egyetemén a zsidó pészah és a keresztény húsvét összefüggéséről. Ugyanezen év augusztusában interjúkötete jelent meg Csak a kegyelem címmel. 2006. április 6-án a lublini katolikus egyetem díszdoktorává avatták. 2007. május 8-án a Magyar Tudományos Akadémia levelező tagjává választották. (November 29-én tartotta székfoglalóját A kánonjogi esetmegoldás módszere a késői középkorban címmel.) Május 22-én a müncheni egyetem díszdoktora lett. 2008. március 19-én jelent meg hangoskönyve Boldog, aki imádkozik címmel. A Szent István Akadémián ugyanezen év december 8-án tartotta székfoglalóját Meszlényi Zoltán káptalani helynökké választásáról. A katolikus rádióban elhangzott elmélkedéseiből 2009. december 9-én jelent meg kötete Naplójegyzetek Szent Pál évében címmel.
A külső események természetesen nem tükrözik teljesen főpásztori tevékenységének eredményeit, hiszen azok a lélek csendjében ható kegyelem művei. A bíboros törekvéseit, szándékait jól körvonalazzák azok a visszatekintő gondolatok, melyeket az évfordulóra kiadott sajtónyilatkozatában fogalmazott meg. Mint elmondta, nagy eredménynek tartja, hogy az elmúlt tíz évben sok olyan plébániára is eljutott az országban, ahol esztergomi érsek még sohasem járt, vagy utoljára 1934-ben. A bíboros azon volt, hogy minden papjával elbeszélgessen. Sokfelé tartottak plébániai missziót, s ezek összegeződtek a 2007-es városmisszióban. „Azt hiszem, ez volt a szolgálat első éveinek legszebb eseménysorozata” – fogalmazott Erdő Péter.
Több magyar boldog oltárra emelése is erre az évtizedre tehető. Ezen események többsége a XX. századi diktatúrák áldozatait állította a megújuló magyar egyház elé. 2003. március 23-án Batthyány-Strattmann Lászlót, a „szegények orvosát” avatta boldoggá II. János Pál pápa. 2006. szeptember 17-én Budapesten történt Salkaházi Sára szociális testvér boldoggá avatása. 2009. október 31-én Meszlényi Zoltán püspököt avatta boldoggá a bíboros Esztergomban, 2010. október 30-án pedig Bogdánffy Szilárd püspököt székhelyén, Nagyváradon. 2007. október 18-án Esztergomban konferenciát rendeztek a kommunista egyházüldözésről. 2008. június 7-én pedig a főpásztor megáldotta a budapesti Rezső téri templom külső falán az 1956- os megtorlás áldozatainak emléktábláját. 2006. június 15-én Erdő Péter egy George W. Bush amerikai elnökhöz intézett levélben köszönte meg az Egyesült Államok népének az 1956-os menekülteknek nyújtott segítséget.
Erdő Péter bíboros-érsek fontos törekvése a szomszéd népekkel és egyházaikkal, valamint a kelet-európai ortodoxiával való kiengesztelődés előmozdítása. 2004. október 20-án a magyar és a szlovák püspöki konferencia tagjai Esztergomban találkoztak, és tájékoztatták egymást lelkipásztori munkájukról. 2006. február 17-én a főpásztor levelet írt II. Alekszij moszkvai pátriárkának, imáit kérve azért, hogy Európa népei kiteljesedjenek a kölcsönös tiszteletben, szeretetben, az emberi és keresztény értékekben. 2006. június 29-én a magyar és a szlovák püspöki konferencia állandó tanácsai együtt mutattak be szentmisét Esztergomban, és aláírták a Megbocsátunk és bocsánatot kérünk című dokumentumot. 2007. június 14–15-én a bíboros Moszkvában tárgyalt II. Alekszij pátriárkával a katolikus–ortodox együttműködésről. 2008. április 22–24-én az osztrák püspöki konferencia tagjai Esztergomban találkoztak a magyar püspökökkel. Június 28-án Mátraverebély-Szentkúton magyar és szlovák püspökök miséztek együtt a két nép megbékélése jegyében. Szeptember 16-án Budapesten találkozott a magyar és a román püspöki konferencia delegációja. November 24–25-én a magyar püspöki konferencia állandó tanácsa Zágrábban ült egy asztalhoz a horvát püspöki konferencia állandó tanácsával. 2009. november 23–25- én a magyar püspöki konferencia Jászvásáron tartotta éves találkozóját a román püspökökkel. 2010. február 6–7-én Petru Ghergel jászvásári püspök volt Erdő Péter vendége.
A bíboros elnöklete alatt álló püspöki konferencia többször emelte fel szavát a hazai társadalmi, gazdasági problémák ügyében. 2006-ra imaévet hirdettek a nemzet lelki megújulásáért. Az ekkor kiadott körlevél így fogalmaz: „Nemzetünk nagy bajban van, s csak Isten irgalma menthet meg minket.” 2006. március 3-án a történelmi egyházak tiltakoztak a médiában is megjelenő egyházellenes megnyilvánulások miatt. Ugyanakkor Orbán Viktor partneri viszonyt ígért az egyházaknak. 2008. január 30-án a püspöki konferencia állandó bizottsága egyetértett a szakszervezeti vezetőkkel abban, hogy az egészségügyet nem szabad alárendelni a profit érdekeinek. 2009. január 22-én a katolikus püspökök testülete az ökumenikus tanáccsal közös nyilatkozatban fejezte ki aggodalmát a megszorítások, az életszínvonal csökkenése és a pénzügyi válság következményei miatt. Felajánlották, hogy e gondok enyhítésében készséggel együttműködnek bármilyen jó szándékú kezdeményezéssel. A püspöki kar június 3-án fájdalmát fejezte ki az egyházat, illetve az egyházi ünnepeket ért gyalázkodó, gyűlöletkeltő megnyilatkozások miatt. Szeptember 2-án az adósságcsapdába került emberekért emelt szót. Szeptember 21-én közös püspöki körlevél jelent meg az újpogányság terjedő szellemével szemben. 2011. június 14-én a bíboros-prímás Európáért mutatott be szentmisét Brüsszelben, az Európai Unió magyar elnökségének befejezése alkalmából. 2009 szeptemberében hirdette meg első ízben a Magyar Katolikus Kultúra Napjait. 2012. április 15-én, az Élet menetén a bíboros hangsúlyozta, hogy a kereszténység nem fér össze az antiszemitizmussal.
A család és az élet védelmében az Erdő Péter vezetése alatt álló püspöki konferencia 2006. június 7-én nyilatkozott a művi meddővé tétel ellen, 2012. június 1-jén pedig az abortusztabletta erkölcsi megítéléséről fogalmazta meg állásfoglalását.
