Emellett a lelkigondozás egy másik területen is megjelent: az egészségügyi intézményekben, a gyógyítás folyamatának részeként. Mindez ma még – főleg Magyarországon – fiatal kezdeményezésnek számít, s mint ilyen az orvoslás, a pszichológia hatására is folyamatosan változik. A pannonhalmi Békés Gellért Ökumenikus Intézet és a Goldziher Intézet a Vallásközi Párbeszédért október 16-án és 17-én konferenciát szervezett, hogy a lelkigondozás hazai művelőinek különböző műhelyei összefoglalják és kicseréljék egymással elméleti és gyakorlati eredményeiket, tapasztalataikat. A Lelkigondozás és lelkivezetés teológiai, bölcseleti és lélektani szempontból című ülés hangsúlyozottan vallásközi rendezvény volt, amelyen a katolikus, a protestáns, a zsidó és a hindu hagyományok, illetve a modern pszichológia legújabb eredményei is szóba kerültek.
A gyógyítás és a vallásgyakorlat kezdetben elválaszthatatlan volt, a testi bajok és a lelki szükségletek kielégítése egységben zajlott. A nyugati orvoslás térhódításával azonban háttérbe szorult a gyógyulás folyamatának lelki oldala, az emberre mechanikus testként kezdtek tekinteni, amelynek egyszerűen „meg kell javítani" az éppen beteg szervét. E gondolkodásmód ma már egyre inkább elveszti létjogosultságát, és a modern orvostudomány is visszatér az emberre testi-lelki-szellemi egységében tekintő gyógyításhoz. Számos vallásban fellelhetjük a lelkivezetés hagyományát, a mester és a tanítvány kapcsolatát. Ez eredendően vallási célokat szolgált, ám elsősorban éppen a nyugati lélektan elterjedése nyomán, a lelkigondozás vagy lelkivezetés az üdvösségre törekvést egyre inkább együtt kezdte szemlélni az életkérdések, krízisek kezelésével. E két – az orvostudományban és a teológiai gyakorlatban végbemenő – változás összeérni látszik. Ma mindkét tudományág hasonló problémákkal, kérdésekkel szembesül. A konferencia ezeket is igyekezett körüljárni, tovább kutatva, mit tanulhatunk egymástól. Hogyan folytathat párbeszédet a kortárs lélektan és a teológia? Milyen módszerekkel tanít egy lelkivezető, és milyen módszerekkel gyógyít egy segítő szakember? Milyen újfajta élethelyzetekkel kell megküzdenie a posztmodern embernek? Lehet-e „világnézet-semlegesen” segíteni? Mi a vallás szerepe a pszichoterápiás folyamatban? Pszichoterápiával vagy kórházi lelkigondozással foglalkozó szakemberek tanúsítják, hogy a terápiás folyamat során elkerülhetetlenül felmerülnek vallási, spirituális szempontok. A kliens meggyőződése, hite segítheti a gyógyulást, ugyanakkor előfordul, hogy éppen egy megbetegítő istenkép tartja fenn a problémákat, betegségeket. Az időskori lelkigondozásban mindemellett különösen fontos szerepet kap a segítő szakember világnézeti meggyőződése is, hiszen e folyamat mindenkor elvezet az élet és a halál viszonyának tárgyalásához. A konferencián a szakemberek néhány gyakorlati műhelyen is részt vehettek, amelyeken megismerkedhettek olyan „alternatív” módszerekkel, mint a csöndgyakorlat, a művészetterápia és a keresztény misztikus szövegek olvasása.