Egyházmegyénk területe 1944 karácsonyától három hónapra frontterületté vált. Kétségkívül ekkor szenvedtek a legtöbbet az itt élők – papok, szerzetesek és civilek egyaránt. Ám az egyházmegye nem ekkor találkozott először a háborúval. Hiszen megannyi lakost soroztak be innen is végzetes sorsú csapattestekhez, Székesfehérvárt mint katonavárost súlyos légicsapások érték, és elszenvedte a nyilasok, majd a megszállók terrorját is. A katonai helyzet romlásával fokozatosan nőtt a nyilasok politikai súlya. Ahogy 1944 tavaszán hatalomra jutottak, és az ország német megszállás alá került, úgy fokozódott a „belső ellenségek” elleni harcuk. Székesfehérváron 1944 májusától a mérsékeltebb helyi politikusokat és vezetőket háttérbe szorították, lemondatták őket hivatalukról. Ekkor történt a zsidóság gettósítása, majd 1944 júniusában Auschwitzba deportálásuk is. 1944 októberében letartóztatták a korábbi „elit” vezető személyiségeit, köztük a korábbi főispánt, Bilkei Ferenc felsővárosi esperes plébánost, Proity Márton maroshegyi plébánost, Neményi Lajos pap lapszerkesztőt és még sokakat. Az elhurcoltak közt volt a székesfehérvár-belvárosi egyházközség néhány aktív tagja is: a „kikeresztelkedett” – zsidó származású – Kepes János egyházközségi főtitkár. A papok két hónapnyi raboskodás után Serédi Jusztinián hercegprímás határozott fellépésének köszönhetően nyerték vissza szabadságukat. A többiek azonban Auschwitzba kerültek, ahonnan nem tértek vissza. A karácsonykor beállt orosz uralmat 1945 januárjának végén ismét felváltotta a német, a nyilasok is újra megjelentek a városban. Február 8-án letartóztatták Shvoy Lajos püspököt, testvérét, Shvoy Kálmán nyugalmazott altábornagyot és egy amerikai állampolgárságú kispapot, Fülöp Ferencet. A szabadságot számukra csak a harci cselekmények vége hozta el. 1944 áprilisában érték az első komolyabb légitámadások az egyházmegye fővároshoz közeli területeit: Csepelt, Budafokot, Horthy-ligetet. Székesfehérvár szeptember 19-én és október 13-án esett át két súlyos bombázáson. A sebesültek mentésében részt vettek papok is: Ohmüllner Mártonról, Bejczy Gyuláról, Németh Lászlóról biztosan tudjuk, hogy jelen voltak, és igyekeztek segíteni a rászorulóknak. A civil áldozatok száma nagyon magas volt. A beszámolók szerint nagy erőt jelentett a lakosságnak, hogy Shvoy Lajos püspök is többször felkereste a romba dőlt városrészt, és az első áldozatok temetését maga végezte. Kevesen tudják, hogy az egyházmegyének volt papi áldozata is. Igaz, nem ekkor, és nem angolszász gépek támadásakor, hanem a faluját 1945. március 15-én érő német légitámadás során szerzett sebesülései következtében veszítette életét Vértesacsa plébánosa, Baumgartner Károly. A háború poklában a civil lakosságot ért atrocitásokat gyakran elintézik egy vállrándítással: „rosszkor voltak rossz helyen”. De a fosztogatást, a nők elleni erőszakot, a fegyverek civil lakosság ellen fordítását mégsem tekinthetjük a háborúk kötelező kellékének. 1945. február 18-án, életének 48. esztendejében hunyt el Bakody Ernő, Százhalombatta plébánosa. Halálának közvetlen oka szívgyengeség volt. Azt azonban nem csak az átélt izgalmak és a front alatti nélkülözés idézte elő. A helyi légoltalmi parancsnokság a plébánia épületében helyezte el a mentéshez szükséges felszereléseket. Az oroszok a kötszerek láttán a papot orvosnak hitték. Miután ezt tagadta, falhoz állították, agyonlövéssel fenyegették. Végül elengedték, de heteken át nehéz fizikai munkákra fogták, miközben éheztették. Ez vitte a sírba… Iszkaszentgyörgyön 1945. március 19-én hajnalban, egy nappal az oroszok bevonulása után találták holtan a plébániaépületben Gáspár János plébánost. Több, fejébe fúródó géppisztolylövedék végzett vele. Halálának pontos körülményei máig ismeretlenek. A fehárvári Rác utcában 1945. március 22-én tizenkét polgári személyt végeztek ki. Három orosz erőszakoskodott asszonyokkal és lányokkal. A védelmükre kelő családtagok két katonát agyonvertek, a harmadik elmenekült, és erősítéssel tért vissza. A nők védelmében gyilkossá váló civilek addigra elmenekültek. Az oroszok így a környék házaiból találomra fogdostak össze tizenkét férfit, és falhoz állították őket. Köztük volt Németh Ferenc másodéves papnövendék is. Ugyanezen a napon egy fosztogató katonától elszenvedett tarkólövés következtében hunyt el Bergendy János püspöki irodaigazgató is. Ötvenkét éves volt. A főpásztor és közvetlen környezete februári letartóztatása után mindössze két pap maradt a hatalmas házban. Ők próbálták megoldani a mintegy háromszáz idemenekülő civil ellátását. Az oroszok 1945. március 21-én szállták meg másodszor a várost. Bergendy János egész éjjel virrasztott, és szállást biztosított két orosz tisztnek a portásfülkében – a rabolni vágyókat elriasztotta a tisztek jelenléte. De azok reggel elhagyták az épületet. Az újabb fosztogató csapatot már nem sikerült Bergendy Jánosnak szép szóval leszerelnie. A garázdálkodó katonák ütni-verni kezdték a papot, majd belökték egy irodába, ahol lelőtték.
Sokan vannak olyanok is, akik természetes halált haltak ugyan, mégis a háború áldozatainak tekinthetők. Gáger József pilisvörösvári adminisztrátor vagy Sándi János fehérvári hitoktató, korábbi öreghegyi lelkész halálának körülményei kapcsán is feltételezhetjük ezt. Utóbbinak például kifosztottan és betegen kellett elhagynia egy kiürítéskor Balatonvilágost. „A beteg pap járni nem tudott, s ezért egy talicskába tették, és azon tolták. De nem sokáig tartott ez a különös utazás, mert alig haladtak öt házzal odébb, Sándi János bátyánk meghalt” – írta róla naplójába Bejczy Gyula. A háború a harci cselekmények befejeződése után is tovább szedte áldozatait: a tovább tartó erőszak a járványok formájában. Csak néhány konkrét példa: borzongató az ötéves fiúcska története, aki az utcán játszott, amikor egy tank elütötte, és menthetetlenül szétroncsolta testét. Kemény József seregélyesi plébánosnak a kezében robbant fel egy lövedék 1945 júliusában. Stermeczky Vince kórházlelkésszel a betegektől elkapott hastífusz végzett. Azt kell mondanunk, hogy Bergendy János halála a maga véres valóságán túl sok szempontból szimbolikusnak is tekinthető. Akkor történt, akkor, amikor a németek már kitakarodtak a városból, és sokan felsóhajtottak: „Vége a földi pokolnak.” Ez a halál így előrevetítette egy későbbi kor, egy szovjet fegyverek támogatásával kiépülő diktatúra rémképét. Szimbolikus Bergendy János halála a hozzá kötődő, embertelen csendre intés miatt is. Mint Németh László visszaemlékezésében olvashatjuk: „Egy százados […] megparancsolta, hogy a holttestet a kertben azonnal és feltűnés nélkül el kell hantolni…” Végül mégsem a kertben, hanem a bazilika altemplomában temették el a vértanút: és ennek is mély jelentése van: a holttestet az első üres kriptafülkébe helyezték – amely a következő püspök halott számára volt fenntartva. A nyilas fogságból később hazatérő Shvoy Lajos mélyen meg is rendült ennek láttán: úgy érezte, papja szinte helyette halt meg. (1962 áprilisában saját költségén exhumáltatta, és az altemplom más pontján, nagy kanonokok közé temettette el Bergendy Jánost.) És végül szimbolikus ez a halál az egyház emlékeket őrző gesztusai tekintetében is. 1947 novemberében Mindszenty József prímás utasítására Meszlényi Antal megkezdte a vértanúk adatainak összegyűjtését az ország minden részéről. Az adatszolgáltatás során nemcsak a papi életpálya alapadataira és az elhalálozás körülményeire kellett kitérni, hanem az egyéniségek jellemzése is feladat volt, ami arra utalt, hogy a vértanúk esetleges későbbi boldoggá, majd szentté avatása felé tett kezdeti lépésről van szó. A diktatúra elmúltával pedig a nyilvánosság elé lépett az egyház múltjának e darabjával is: 1992-ben emléktáblát állítottak Fehérváron Bergendy Jánosnak.
