Védelmező és megtartó erejű család, majd később a szentendrei ferences gimnázium szellemisége, a ferences lelkiség vezetgették Székely Jánost a papi hivatás felé. Felsőfokú tanulmányait az esztergomi szemináriumban, a katolikus egyetem Hittudományi Karán, illetve Betlehemben folytatta. 1991-ben szentelték pappá. 1991 és 1993 között Érsekvadkerten volt káplán. Itt találkozott először a cigányság égető problémáival: a cigány és nem cigány együttélést megnehezítő mély szakadékkal, a kölcsönös sérelmek orvoslásának és a megbocsátás fontosságával.
Az interjúban így emlékszik vissza a kezdetekre. „A cigány gyerekek sokáig nem mertek bejönni a plébániára, mert az egyik előző plébános megtiltotta nekik. Feszült volt a viszony, hittanra sem jártak. Amikor elkezdtem bejárni az iskolába hittant tanítani, gyakran gitárral a hónom alatt mentem. A folyosókon próbáltam velük ismerkedni. Megtanultam a cigány himnuszt, játszottunk. Lassan bemerészkedtek a hittanórára. A szülők is hálásak voltak azért, hogy emberszámba veszem őket, megbízom bennük. A gyerekeiknek azt mondták, a nyakukat tekerik ki, ha valami gondot csinálnak nálam.”
A káplánéveket hasonlóan gazdag időszak követte. Római tanulmányok, afrikai misszió, erzsébetvárosi, majd széphalmi plébánoshelyettesi, illetve plébánosi megbízatás, doktorátus, spirituális tevékenység a Központi Papnevelő Intézetben, majd az Örökimádás-templom templomigazgatója lett. 2008. január 5-én az esztergom-budapesti főegyházmegye segédpüspökévé szentelték. Főpásztori feladata a katolikus egyház cigánypasztorációjának előmozdítása. Az interjú során egy olyan püspököt ismerhetünk meg, aki magasan képzett teológiai műveltsége és egyházi rangja mellett elsősorban lelkipásztornak tartja magát, aki hivatását nem egy hűs püspöki palota védett falai közt akarja őrizgetni, hanem csakugyan „emberhalászként” éli meg azt. Ő maga így vall erről: „Az ókori egyházban a legtöbb püspök aktív lelkipásztor is volt. Egy-egy város központi, meghatározó figurájának számított, aki nemcsak hogy élő kapcsolatban állt a keresztény közösséggel, de emellett általában még tudósként is maradandót alkotott. Közülük is az egyik legjelentősebb Szent Ágoston, Hippo püspöke. Az ő példája is mutatja, mennyire megtermékenyíti egyik a másikat: a lelkipásztorkodás, az imádság, a szellemi munka, illetve az élő, hétköznapi kapcsolat a hívekkel. Féloldalas lesz az ember, ha ezekből valamelyik hiányzik.”
(Miért hiszek? – Székely János püspökkel beszélget Dobszay János – Kairosz Kiadó)
