A negyvenes évek végétől más egyháziak mellett a görögkatolikus áldozópapokat is üldözte a kommunista rezsim. A görögkatolikus egyházat, bár korlátozottan, egyedül Magyarországon engedte működni az állam. A Szovjetunióhoz tartozó Kárpátalján betiltották, Szlovákiában pedig erősen korlátozták tevékenységét. A fiatal Nikefor atya először Ungvárott, majd Jakubanyban és szlovák plébániákon teljesített kisegítő szolgálatot. Később, zenei tehetségének köszönhetően, az ungvári székesegyház karnagya lett. Karnagyként ekkor figyelt fel arra, hogy a gazdag bizánci liturgikus egyházi zenében – a szigorú, kötött szertartás ellenére fellelhető a népi vallásosság, a népi énekek jelenléte. Vizsgálni kezdte az egyházi zene mellett a népi vallási énekeket is. Ezt a tudományos, papi és karvezetői, sőt zeneszerzői pályát azonban derékba törte a hitéért kitartó lelkész elítélése, börtönbüntetése. Ugyanis nemcsak a kommunista rezsim beszervezési kísérleteinek állt ellen, de azt is megtagadta, hogy áttérjen az ortodox egyházba, illetve annak egyik főpapja legyen. Nikefor még élete kockáztatása árán is kitartott amellett a hit és meggyőződés mellett, amelyet fiatalon vállalt.
Átjött az anyaországba, Besenyőtelken volt hosszú éveken át katolikus kántor, illetve – ahol erre szükség volt – kisegítő különböző görögkatolikus alkalmakon. Az Egri Főegyházmegyei Könyv tárban idegenvezetőként dolgozott, de ekkorra már országosan elismert szakértője volt a görögkatolikus és a bizánci zenének.
A rendszerváltozás előestéjén a Soros Alapítvány ösztöndíja lehetőséget adott számára, hogy még behatóbban tanulmányozza a vallásos nép énekeket, s emellett az ELTE Folklór Tanszékén speciálkollégiumot tarthatott az általa végzett néprajzi kutatásról.
A szíve azonban visszavágyott a felvidéki magyarok közé. „Ott, a végeken kevés most a magyar pap, és engem hívnak, szeretnek. Az az életem, hogy szolgáljak, ahol szükség van szolgálatra” – mondta. A nyolcvanas évek végén Perbenyikre (Príbeník) költözött, és a Királyhelmec környéki magyar katolikusokat pasztorálta.
A kilencvenes éveinek végén még ép testben és ép szellemmel élhette meg, hogy kanonokká nevezte ki őt az eperjesi görögkatolikus püspök. A beiktatási szertartásán még koncelebráló Nikefor atya Pál apostol szavai nyomán még elmondhatta: a jó harcot megharcoltam, a pályát végigfutottam, készen vár rám a győzelem koszorúja, melyet azon a napon megad nekem az Úr!
A sokat szenvedett és az üldözések után a méltatlan mellőzöttséget is eltűrt lelkipásztort július 22-én helyezték örök nyugalomra a szikszói temetőben.
