Igaz ugyan, hogy a jelenlegi templom barokk formajegyeket mutat, de tornya elárulja, hogy sokkal régebbi. Ezt be is bizonyította az 1968-1971-es műemléki helyreállítás, amelynek során az épület alatt feltárták annak a feltűnően nagy méretű rotundának alapfalait, amely feltehetően a XIII. század első felében épült. „Erre az épületegyüttesre húzták fel a XIV-XV. század fordulóján azt a gótikus templomot, amelyet aztán a XV. század második felében az uraságok (minden bizonnyal a Rozgonyiak) bővítettek – írja a faluról szóló monográfiájában Asztalos István. Díszes bejárati kapuja (ezt Csányi Károly még 1939-ben tárta fel) a templomhajó déli falsíkjában, a sekrestye viszont a szentély északi falán helyezkedett el. Ez idő tájt építették a tornyot is. Az egész templomot kívülről támpillérekkel erősítették meg, körülötte terült el a fallal kerített cinterem, a temető. A XVI-XVII. században a templom súlyosan megrongálódott, de nem semmisült meg. Állaga tovább romolhatott a felszabadító, majd a kuruc háborúk idején. Romjaiból 1716-ban emelték ki, amikor Johannes Ignaz de Kurucz (Kurth?) báró a lakosság segítségével renováltatta. Talán ekkor, de az is lehetséges, hogy a török kiűzése utáni időkben helyezték át a sekrestyét a szentély déli falára, a külső falakat pedig a párkány magasságáig festett, két fekete csík között húzódó fehér-fekete körökkel díszítették. Miután Grassalkovich Antal 1733-ban Isaszegre megkapta a kegyúri jogot, 1734-ben barokk stílusban átépítette a templomot, amely végső formáját az 1758-as renoválással nyerte el.” Az elkövetkező másfél száz év alatt természetesen többször megújították, de alapos munkát egyszer végeztek. A XX. század elejére annyira romlott állaga, hogy 1902-ben egy jelentősebb rekonstrukciót kellett végrehajtani. (Nem sokkal ezután, 1913-ban megfogalmazódott egy új templom építésének a terve, ám az első világháború miatt csak 1937-ben kezdtek hozzá.) Isaszeg közelében, a váci püspökség területén számos falu templomának a védőszentje Szent Márton. Ezen nem is lehet csodálkozni, mert hazánkban nincs szent, aki templomával több településünknek lett volna névadója, keresztapja Mártonnál.
