A pécsi az egyetlen magyarországi egyházmegye, amelynek alapítási dátuma ránk maradt, így pontosan tudható, hogy a királyi akarat mikor nyert szentesítést a Szentszék részéről. Alapítólevelének részletét későbbi oklevelek őrizték meg átiratban. Ezek szerint az alapítás Győr várában 1009. augusztus 23-án történt. Ekkor jelölték ki az egyházmegye határait, első püspöke pedig Bonipert lett. Az egyházmegye büszke rá, hogy pécsi püspökök közül került ki az első magyarországi latin nyelvű író, a hazai – latin betűs – írásbeliség megteremtője; az első magyarországi egyetem alapítója; az első nyilvános könyvtár létrehozója; az első, aki a reformkorban elsőként szólalt fel magyar nyelven a felsőház ülésén.
Az egyházmegye nyolcvanegy főpásztora közül kettő is hősi halált halt, életét áldozva a hazáért: egyikük a várnai csatában, másikuk Mohácsnál esett el. Az egyházmegye millenniumi évét hosszú előkészületi időszak előzte meg. Ennek során több rendezvény, jeles alkalom mutatta és igyekezett előmozdítani, hogy az egyházmegye papsága és hívei méltó módon várják az ünnepet. A legkiemelkedőbbek ezek közül: az egyházmegye zászlajának felszentelése, egyházmegyei zarándoklatok külföldre, hazai és egyházmegyei búcsújáró helyekre, valamint a székesegyház híres Angster-orgonájának teljes felújítása. Juliusz Janusz apostoli nuncius szeptember 14-én hirdette ki azt a pápai rendelkezést, miszerint az egyházmegye legjelentősebb kegytemplomát, a máriagyűdit basilica minor rangra emelte a Szentatya. Ez év őszének szintén kiemelkedő eseménye volt Janus Pannonius, egykori pécsi püspök, kiváló humanista költő újratemetése. 2006 óta félévente rendezett történészkonferenciákon igyekeztek feltárni az ezer év fontosabb szakaszait, népszerűsítő előadás-sorozat formájában pedig a szélesebb érdeklődő közönséggel is megismertetni az ezer év históriáját. Ezt a célt szolgálta az is, hogy megjelent az egyházmegye ezer évét feldolgozó tankönyvcsalád, valamint egy reprezentatív képes album a valamikori (ma pécsi és djakovói) egyházmegye területén fellelhető szakrális és kulturális emlékekről.
A millenniumi év megnyitásakor Mayer Mihály püspök körlevélben hívta fel a hívek és a papság figyelmét a tartalmas ünneplés egyik fontos feltételére: „Nyitottnak kell lennünk arra a szeretetre, amellyel Isten általunk építeni akarja országát. Ez azt jelenti, hogy ne külső szemlélői legyünk az eseményeknek, hanem éljük meg az Istennel való egységünket. Isten közösségre hívott minket önmagával, és az Istenben létünk révén átfolyik életünkbe az ő szüntelen munkálkodása. Ez a szeretet hatékony beáramlását és továbbajándékozását teszi lehetővé”.
A körlevélben a főpásztor buzdította az egyházközségeket, hogy egyénileg és közösségileg egyaránt fordítsanak nagyobb gondot az imádságra és a Szentírás olvasására, a különböző szentségek felvétele előtti lelki érlelődésre és a szentségekhez járulás utáni megerősödésük tanúsítására. Ez ad lehetőséget életünk megújítására. A 2009-es jubileumi esztendő programjai négy időpont köré csoportosulnak. Február 11-én kerül sor a hagyományos papi találkozóra, amikor a megyés püspök meghívja az egyházmegye papjait, plébániaigazgatóit, hogy közös szentmisén vegyenek részt a bazilikában. Idén ezen a napon ünneplik Mayer Mihály püspökké szentelésének huszadik évfordulóját. Június 29-e, Szent Péter és Pál apostolok ünnepe, a bazilika búcsúnapja. Augusztus 23-a az alapítás ezredik évfordulója. Ez a nap a millenniumi év csúcspontja, amikor ünnepi szentmisére és nagyszabású szabadtéri koncertre hívják a híveinket, hogy közösen adjanak hálát az elmúlt ezer évért, a benne foglalt értékekért, a ránk hagyományozott szellemiségért, elődeink példamutató életéért. Október 25-én Szent Mór, az egyházmegye másodvédőszentjének ünnepével fejeződik be a háromnapos taizéi találkozó. A millenniumi esztendőt november 22-én, Krisztus király ünnepén zárja be Mayer Mihály püspök.
A főbb ünnepek mellett több száz egyházmegyei programot szerveznek, melyekről programfüzetet jelentetnek meg, hogy mindenki tájékozódhassék az egyházmegye életéről, hagyományairól, búcsúnapjairól, kulturális programjairól. A jubileumi év szervezői fontosnak tartják, hogy az ünneplések ne korlátozódjanak Pécs városára, hanem lehetőleg minden egyházközség kapcsolódjék be a millenniumi évbe, hiszen csak így erősödhet az összetartozás érzése, az együtt gondolkodás, a közös alapon nyugvó értéklátásunk. Ami most megkezdődött, az a pécsi egyházmegye papjainak és híveinek reménye szerint „mindegyikünk megtisztulását és fölemelkedését szolgálja”.
