A nyitrai piaristáknál, illetve a kalocsai jezsuitáknál végezte középiskolai tanulmányait. Az esztergomi főegyházmegyébe jelentkezett papnövendéknek. Simor János prímás hamar fölismerte tehetségét, és Rómába küldte, ahol ő 1875-től 1882-ig a Német-Magyar Kollégium növendékeként folytatta tanulmányait. Ott formálódott ki papi egyénisége is. Ez a római időszak meghatározónak bizonyult egész életére. Az 1878-ban megválasztott új pápa, XIII. Leó a korabeli világra való nyitottsággal, a problémákra érzékenyen kormányozta az egyházat -, ilyen szellemben írta meg 1891-ben híres Rerum novarum kezdetű enciklikáját is. A Rómából hazatért fiatal Prohászka az esztergomi szemináriumban lett teológiai tanár és lelki vezető (spirituális). Szomorúan tapasztalta, hogy a magyar egyház a XIX. század végén egyáltalán nem mutatta föl azokat az apostoli jegyeket, amelyeket kellett volna: hiányzott belőle például a szociális érzékenység. Prohászka esztergomi munkásságának első évtizede – szorosan vett megbízatásának teljesítésén túl – XIII. Leó pápa műveinek fordításával, ismertetésével telt, gyűjteményes kötetben ki is adta a pápa enciklikáit.
A pápa gondolataitól ihletve maga is azt vallotta, hogy a karitász, vagyis a jótékonykodó szeretet egyedül képtelen a nyomort fölszámolni: a társadalmi igazságosság megvalósítására kell törekedni – egyebek mellett a törvényhozás területén is. Húsz évnyi esztergomi tanársága idején élénk publicisztikai tevékenységet folytatott, rengeteget írt, egyik szerkesztője volt a Magyar Sion című lapnak, majd Esztergom címmel politikai hetilapot is szerkesztett. Mindezzel azt szorgalmazta, hogy az egyház váljék nyitottabbá a társadalom felé, lássa meg az égető szociális problémákat, és találja meg keresztény gyógyszerét mindannak, ami orvoslásra vár. Nem maradt meg azonban a társadalmi tanítás terén, hanem konfrontálódott a korabeli kultúrával, tudománnyal is: az volt a vágya, hogy az egyház képes legyen ezekkel szembenézni; ne befelé forduljon, hanem a kor társadalmát teljes mértékben átlátva, prófétai vízióval segítsen építeni az emberiség jövőjét.
1904-ben a Pázmány Péter Tudományegyetem Hittudományi Karának professzora lett. Alig egy év után pedig megkapta kinevezését a székesfehérvári egyházmegye élére, amely az akkori Magyarország legszegényebb püspöksége volt. Prohászkában hatalmas lelkesedés lángolt a társadalmi igazságosság, a szegények fölemelése érdekében, anyagi eszközök azonban nem álltak rendelkezésére. Ezért ő más megoldást keresett. Már az előző években is az értelmiség visszahódítására helyezte a hangsúlyt, amelynek jelentős része formailag katolikus volt ugyan, de lényegében elfordult az egyháztól. Prohászka megtalálta a módját, miként kell megszólítani ezt a liberális szellemiségű értelmiséget. Lelkigyakorlatokat, konferenciabeszédeket tartott, még püspökként is fáradhatatlanul járta az országot. Gondos főpásztora volt egyházmegyéjének, de ezen túlmenően az egész országgal is törődött. Fölismerte a katolikus sajtó fontosságát – amely akkoriban elégé elaprózódott, és meglehetősen hatástalan volt -, igyekezett korszerűvé átformálni azt. (Ebben később a jezsuita Bangha Béla nagy segítségére volt.) Olyan lelki tekintélye volt Prohászka Ottokárnak, hogy Horthy Miklós kormányzó 1920 januárjában fölkínálta neki a miniszterelnökséget, amit ő, főpapként, természetesen nem fogadott el.
Prohászka szociális gondolkodása már korán megnyilvánult: a tízes években követelte a betegbiztosítást, illetve a társadalmi biztosítást. Ezt később egy szintén pap politikus, Vass József népjóléti miniszter meg is valósította. Prohászka Ottokár rövid ideig kifejezetten politikai szerepet is vállalt. Közreműködött egy keresztény párt létrehozásában, majd ennek a pártnak az elnöke lett, aztán a nemzetgyűlésben részt vett. A 20-as évek elején azonban igen magasra tette a mércét. A keresztény kurzus szerinte nem ütötte meg azt, és ezért 1922-ben már megkönnyebbülten vonult vissza a politikai élettől. Ám ezt követően is folytatta azt, amiért méltán nevezik őt Magyarország tanítójának. Lelkigyakorlatokkal, valamint a társadalmi élet terén sok-sok módon jelen tudott lenni. Már 1908- ban megalapította a Szociális Missziótársulatot. Az evangéliumi szegénységnek elkötelezett szociális nővérek a társadalom legelesettebb rétegeivel foglalkoztak, és hatékonyan tudtak jelen lenni a húszas évek magyar társadalmában. Prohászka lelkes kezdeményezőkészsége átterjedt a világi papságra, a szerzetességre: a két világháború közti Magyarországon az ő szellemében olyan katolicizmus élt és virult, amely annyira erőssé lett, hogy utána több mint negyven évi igen nehéz helyzetet is kibírt. Prohászka Ottokár szelleme halála után nyolcvanegy évvel is élő, eleven. Az evangéliumokról oly csodálatos elmélkedéseket írt papjainak, kispapjainak, amelyek ma is hatnak, hiszen a mai, a harmadik évezred eleji papok, kispapok is szívesen olvassák.
