A hagyomány szerint ugyanis az egykor római tartomány, Észak-Pannónia vidékén született Tours nagy tiszteletben álló püspöke, Márton. Mikor a halmon már templom és monostor is állt, megkapta a „Mons Sacer Pannoniae”, Pannónia szent hegye nevet. Ebből formálódott aztán a reformkor kezdetén a Pannonhalma név. A bencéseket Géza fejedelem telepítette Szent Márton hegyére 996-ban. Az első templomnak, amely István király idején készült el, nyoma sem maradt, de helyén a kis kolostor hatalmas monostorrá növekedett. Olyan tekintélyes lett, hogy a Szent Márton szülőhelyét fölkereső francia keresztes vezért, Bouillon Gottfridot illő módon fogadhatta benne Kálmán király. Az első tartós építkezések emlékei a XII. századból maradhattak fenn; az új templomot a király jelenlétében szentelték föl 1137-ben. Az emlékek természetesen igen töredékesek, hiszen a monostor együtt emelődött s rombolódott a középkori Magyarország történelmével.
A szerzetesek nem csupán példát mutattak imádkozó, szemlélődő, aszketikus életükkel, hanem a nép nevelésével, lelkipásztori munkával is foglalkoztak. Szent Benedek Regulája alapján élték az életüket, amely előírta a komoly művelődési tevékenységet is. Szent Márton hegye rövid időn belül a keresztény Magyarország erejének és műveltségének jelképévé vált. A török hódítás elől a szerzetesek elmenekültek, a monostort 1585-ben átadták a császári katonaságnak, az egyházi kincsek szétszóródtak vagy eltűntek. A végvári harcok elmúltával Pannonhalma ismét a magyar bencések központja lett, de az újjászerveződés és újjáépítés nem volt egyszerű. Mária Terézia idejében kerültek ismét megbízható magyar főapátok a monostor élére. Ennek a kornak a leggazdagabb és legegységesebb emléke a kolostor nagy ebédlőterme, a gazdag freskódísz, főhelyén Szent István királlyal ás a magyar koronával.
II. József, aki a „gyakorlati hasznot nem nyújtó” rendeket föloszlatta, Pannonhalmát sem kímélte. A mártonhegyi épületeket állami célokra alakították át. Az 1802-ben visszaállított rend vállalta a tanítás feladatát – és ezzel megkezdődött a monostor harmadik korszaka. Itt nevelték a bencés gimnáziumok szerzetes tanárait, és fölépítették a mai napig működő gimnáziumot és diákotthont. A rend új céljának jelképe lett a könyvtár, amelyben 1802-ben hétszázötvenhét kötetnyi művet számláltak – a mai állomány meghaladja a háromszázezret. A pannonhalmi kézirattár kincsei közé tartozik a bencés Jedlik Ányos, a dinamó feltalálójának hagyatéka, és a Tihanyi alapítólevél is. Ám ahogyan Hortobágyi Cirill perjel rámutatott, Pannonhalma más kincseket is rejt. Szent Márton hegye több mint ezeréves múltra tekint vissza, méghozzá olyan múltra, amelyben az általános emberi kultúra őrizői tevékenykedtek. Maga a liturgia is életre hívta a művészeti alkotásokat, de a monostor apátjai – mint egyházi méltóságok – mecénási szerepet is betöltenek.. A gyűjtemények kezdetben a könyvtár épületéhez tartoztak, hiszen a bibliotheca ebben a korban szinte az összes kultúrérték gyűjtését és tárolását is jelentette. A gyűjtemények megteremtése, gondozása és nyilvántartása körül különösen is érdemeket szerzett három bencés könyvtáros: Szeder Fábián (1838-1843), Czinár Mór (1842-1870) és Kuncze Leó (1870-1878). A II. világháború pusztításai Pannonhalmát – a Vöröskereszt védnöksége folytán – megkímélték. Később is „szerencséje” volt Pannonhalmának, mert mint szerzetesház 1950-ben átvészelte a feloszlatást, s így a gyűjtemény is egyben maradt, ugyanakkor állami részről megkezdődött az értékes műtárgyak védetté nyilvánítása.
A képtár alapjai már a XVIII. században megvoltak, hiszen az 1786-os feloszlatási katalógus mintegy ötven festményt sorol fel. A XX. század közepén jelentősen gyarapodott a képtár az úgynevezett Lónyai-gyűjtemény által. A grafikai gyűjtemény nagyrészt XVII-XIX. századi rézmetszeteket és litográfiákat őriz. Tematikájuk nagyon sokszínű: a vallási vonatkozásúak mellett jelentősek a városképek, a portrék és a világi témák is. A Pannonhalmát ábrázoló metszetek és rajzok összegyűjtésére külön gondja volt a kezelőknek. A grafikai gyűjteményhez tartoznak a szentképek, amelyek között számos metszet is található. A numizmatikai gyűjtemény pénz-, illetve emlékérmeket, papírpénzeket, szükségpénzeket, kegyérmeket, valamint kitüntetéseket és jelvényeket foglal magába. A kincstár főként liturgikus tárgyakat őriz. Pannonhalma sokrétű gyűjteménye érték. Kincsei múzeumi anyagok, de Szent Márton hegye nem múzeum. A számos értékes darab lenyomata sok száz esztendő alkotómunkájának, tanúi a szerzetesek szellem- és lélekformáló hivatásának. Pannonhalma nemzeti szentélyünk is, s igazolása annak, fordulhat a történelem kereke erre vagy arra; „a hegyre épült várost nem lehet elrejteni”.
