Árhullámok a folyón februártól szeptemberig gyakorlatilag bármikor kialakulhatnak. Februárban és márciusban úgynevezett jeges árvizek várhatók, amelyek sokszor rendkívüli vízszintek kialakulásával járnak együtt. Az 1800-as években több nagy jeges ár pusztított a Duna mentén. Az 1838-as márciusi pest-budai jeges árvíz százötvenhárom halálos áldozatot követelt, és tízezer házat döntött romba. A folyó medre akkoriban nem volt megfelelően szabályozva, így a jég megakadt a partokon, és felduzzasztotta maga mögött a folyót. A tetőzés az addig mértnél másfél méterrel magasabban következett be az akkor még mélyebben fekvő és épített gátakkal nem védett városban. Az 1876. évi februári jeges ár során a fővárosban csaknem húszezer embert lakoltattak ki. A Duna tököli töltése átszakadt, és a Csepel-sziget középső részét letarolta a jeges áradat. Ezt követően 1941-ben és 1956-ban volt rendkívüli árvízi helyzet, utóbbi idején Budapest alatt ötvennyolc töltés szakadt át, és a katasztrófa emberéletet is követelt.
Az Alpok hóolvadásával összefüggésben a március és május közötti időszakban számíthatunk legnagyobb valószínűséggel tavaszi árvizek kialakulására, de ezek általában csak kisebb vízszintemelkedéssel járnak. Tavaszi ár 1965-ben okozta a legjelentősebb károkat. Az addigi legnagyobbnak számító dunai árvíz során a katasztrófát sikerült elhárítani, de például a Rába völgyében tizenegy töltés szakadt át. Budapesten rekordmagasságú volt a vízállás. Az idén júniusban levonult árvizet megelőzően 2006 áprilisában mérték a legmagasabb vízszinteket, de a víz akkor sehol sem törte meg a gátakat. Az ideihez hasonló nyári árvizek kisebb valószínűséggel alakulnak ki. Ezek leggyakrabban július és augusztus hónapban jelentkeznek, de júniustól szeptemberig bármikor lehet számítani árhullámokra ciklonokból származó kiadós csapadékhullás, illetve az Alpok magasabb régióiban bekövetkező hóolvadás után. A meteorológusok szerint idén május végén egy hideg légköri örvény – egy úgynevezett magassági hidegcsepp – okozta a nagy esőzést Közép-Európa több vízgyűjtő területén. Még a Cholnoky Jenő professzor által európai monszunnak nevezett Medárd-időszak (június 8. és az azt követő napok) sem szokott ilyen intenzív és nagy térségekre kiterjedő esőzést hozni. Ha a rendkívüli csapadékmennyiség időben eloszlik, és fokozatosan hullik ezekre a területekre, akkor az egymás után keletkező kis árhullámok rendre lefolynak a Dunán. Ha azonban egyszerre esik le jelentős mennyiségű csapadék, a kisebb árhullámok egymásra „csúszhatnak”, és az egyenként csupán egy-két méter magas víztömegek összeadódhatnak, jelentősen megemelve a folyó vízszintjét.
A Duna mentén élő embereket viszonylag jól kiépített gátrendszer védi az árvizektől. A gátak az ország területének huszonhárom százalékán, mintegy hétszáz településen két és fél millió embernek nyújtanak védelmet az árral szemben. A gátrendszernek azonban jelenleg számos olyan pontja van, ahol csupán rendkívüli erőfeszítések árán lehet a medrében tartani a folyót. A szakemberek egy része szerint a Duna nagy vízhozama miatt az árvizek során levonuló vizek tározására nem áll rendelkezésre elegendő terület, mivel itt háromszor akkora vízmennyiséget kellene kivezetni, mint a Tiszából. Ezért csak a védvonalak fejlesztése és a nagyvízi meder levezető képességének növelése jelenthet megoldást. Ezt szolgálja a jelenleg folyamatban lévő és 2014 végére lezáruló úgynevezett Duna-projekt. Az ennek keretében megvalósuló tizenegy beavatkozásnak köszönhetően a jövőben várhatóan csak jóval kisebb mértékben lesz szükség az idei árvíz során is megtapasztalt, gyakran emberfeletti erőfeszítést igénylő ideiglenes védekezésre. Két dolgot azonban mindenképpen szem előtt kell tartanunk: a gátak közötti területet meg kell hagyni a folyónak, még ha csalogató üdülési, lakhatási vagy mezőgazdasági lehetőségeket kínál is. A rendkívül árvizeknél kisebb árhullámok vizeit pedig érdemes hasznosítanunk, mert ezek megőrizhető vízkészletet jelentenek.
