Amikor József meghalt, egész Európában ismerték a nevét, pedig nem alapított új rendet, nem írt egyetlen könyvet sem, és új lelkipásztori módszerekkel sem élt. Nyolc és tizennégy éves kora között sokat betegeskedett. Amikor végül meggyógyult, már nem tudta lemaradását bepótolni a tanulásban. A kapucinusok tizenhét éves korában felvették laikus testvérnek, gyenge egészsége miatt azonban nyolc hónap múlva elbocsátották. Aztán egy minorita kolostor felfogadta szolgának. Itt megtanult írni-olvasni, és végül jámborsága miatt felvették a rendbe is. 1628-ban szentelték pappá.
A Copertino közelében lévő Santa Maria de Grottella-kolostorba került. Gyakran voltak extázisai, és rengeteg szemtanú láttára sokszor és hosszasan lebegett is.
Híre elterjedt, ezért rengetegen mentek Maria de Grottellába, hogy láthassák és beszéljenek vele, rendi elöljárója pedig misszionáriusként küldte az egész tartományba. Egy püspöki helynök kételkedve így írt róla: „Egy harminchárom éves ember a Messiást játssza; egész néptömeget vonz maga után.” Józsefet az inkvizíció kivizsgálás végett Nápolyba idézte. Semmi kifogásolnivalót nem találtak benne, mégis ezután visszavonultan kellett élnie. 1639-ben Assisibe került, ahol tizennégy évig maradt.
A misztikus extázisról ő maga így vallott: „A lélek királynőhöz hasonlít, akinek a testi érzékek a szolgálói. Ha a lélek a király lakába lép, az érzékek kívül maradnak, és semmiféle inger sem mozgatja meg őket. Maga a lélek pedig teljesen Teremtője birtokába kerülve nyugszik.”
Mise közben minduntalan elragadtatásba esett, amely emiatt akár öt óra hosszat is eltartott. A szeretet gyakran annyira megragadta, hogy énekelnie kellett. Életében általában is nagy szerepet játszott a zene. Az emberek lelkébe látott. Bíborosok, püspökök, fejedelmek keresték fel, vagy ajánlották magukat imáiba. Mindig szegények, betegek és segítséget keresők vették körül.
1663 elején Osimo kolostorában megbetegedett, cellájában felállítottak egy kis orgonát. Az orgonista játszott neki, ő pedig énekelt hozzá, és a többieket is arra kérte, hogy énekeljenek vele együtt. „A szamár kezd a hegyre felkapaszkodni” – mondta tréfálkozva, amikor érezte, hogy közeledik a vég. Utolsó napjaiban így énekelt: „Lelkem, szeress, szeress!”
