Rövid lelkipásztori szolgálat után hajdani szemináriumában lett tanár. Itt ismerkedett meg két paptársával, Thomas Palackallal, illetve Thomas Porukarával, akikkel 1831-ben közösen megalapították a kármelita rend szír katolikus ágát. Ekkor vette fel az Elias nevet. Az első kolostort Mannanban hozták létre. A rangidő alapján a közösség első elöljárója Thomas Palackal lett, őt Thomas Porukara követte. Haláluk után Elias Chavara vette át a rend vezetését.
1861-ben kinevezték a szír-malabár katolikus egyház általános helynökévé, és ebben a tisztségében sokat tett a Rómától való elszakadás ellen, amelynek akkoriban sok támogatója volt a helyi egyházban. Mindemellett rendi feladatait sem hanyagolta el. Életre hívta rendjének női ágát, amely az első indiai alapítású női kongregáció volt.
Szeretettel fordult a társadalom peremére szorultak felé. Számos szociális intézményt hozott létre, például haldoklók számára és nyomorban élők segítésére. Nagy társadalmi változásokat indított el hazájában. Hitt abban, hogy az oktatás vezet el az általános társadalmi felemelkedéshez, különösen is a nők tanítása. Elias Chavara nevéhez fűződik az „iskolát minden templom mellé” mozgalom, amely ma is él, és sokak számára biztosít elérhető oktatást. De nemcsak az elemi iskolahálózatot reformálta meg, hanem a papnevelést és -továbbképzést is. Megalapította Kerala állam első szanszkrit nyelvű iskoláját és első katolikus nyomdáját. Írói munkássága is számottevő: összeállította a szír katolikus breviáriumot, és a malabár egyház liturgikus naptárát, amely a mai napig használatban van. A hívek számára életvezetési, lelki könyveket írt.
A Koonammavuban lévő kolostorban hunyt el, 1871. január 3-án. II. János Pál pápa avatta őt boldoggá, 1986-ban.
