Edward végül 1057-ben visszatért Angliába, ám rövidesen meghalt, a családnak pedig ismét menekülnie kellett, immár Hódító Vilmos elől. Skóciába mentek, ahol III. (Véreskezű) Malcolm uralkodott, aki politikai okokból feleségül vette Margitot.
A királyné mélyen vallásos élete, a szegények és betegek között végzett szeretetszolgálata miatt hamar tiszteletet szerzett. Ám talán ennél is fontosabb, hogy a skót történelemben úgy emlékeznek rá, mint aki kultúrát hozott az országba, és megreformálta az egyházat, illetve az oktatást. Templomokat és kolostorokat alapított, zsinatot hívott össze, és megszilárdította a római katolikusságot. Mindemellett pedig döntő befolyással volt a skóciai udvar kulturális életére. Férje például nem tudott írni-olvasni, Margit azonban könyvtárat alapított, és különös figyelmet szentelt gyermekei taníttatásának.
Halála után a nép azonnal szentként tisztelte Margitot, a pápa azonban csak 1250-ben emelte oltárra. A katolikus mellett az anglikán egyház is szentjei között emlékezik meg róla.
