A portugál püspöki karon kívül a pápa fogadására megjelent Jaime Gama, a parlament elnöke, José Sócrates miniszterelnök, a legfelsőbb bíróság és az alkotmánybíróság elnöke, a külügyminiszter, a Szentszékhez akkreditált nagykövet, valamint Lisszabon polgármestere is. Apostoli látogatásának első napján XVI. Benedek pápa a portugál főváros úgynevezett Palota terén (Terreiro do Paço) mutatott be szentmisét. Lisszabon polgármestere átnyújtotta a portugál főváros kulcsait a Szentatyának. A portugál labdarúgó-bajnokságot éppen megnyert csapat, a Benfica kapitánya pedig a futballcsapat mezével ajándékozta meg a pápát, rajta „Bento 16″, azaz XVI. Benedek felirattal. A Szentatyával mintegy négyszáz pap koncelebrált, és százhatvanezer hívő töltötte meg a teret és a környező utcákat. XVI. Benedek homíliájában emlékeztetett a portugál misszionáriusokra, akik az évszázadok során hirdették az evangéliumot a világ minden részén. Ma is nagy szükség van a lelkes evangéliumi tanúságtételre. A pápa felidézte a város szentjeit, közöttük Szent Vince vértanú diakónust, a patriarchátus fő védőszentjét. A szentáldozás után a pápa felolvasta üzenetét, amelyet a Tejo folyó szemközti partján található Krisztus király kegyhely fennállásának ötvenedik évfordulója alkalmából írt. A kegyhelyen a hívők egyre inkább mélyítsék el annak tudatát, hogy Krisztus a történelem Ura és ítélő bírája – mondta üzenetében. A pápa végül a fiatalokhoz fordult: hirdessék társaiknak Krisztust, mondják meg nekik, megéri Jézust követni. XVI. Benedek május 11-én este külön is találkozott a fiatalokkal a lisszaboni apostoli nunciatúra előtt. A pápa köszönetet mondott a fiataloknak, hogy örömmel tesznek tanúságot Krisztusról, az örök ifjúról. Végül hangsúlyozta: továbbra is számít a fiatalokra és imáikra, hogy portugáliai útja valóban gyümölcsöző legyen. A Szentatya apostoli látogatásának második napján, május 12-én a lisszaboni Belém Kulturális Központban a portugál kulturális élet fontos szereplőivel találkozott. Mindannyiuk nevében a százegy éves Manoel de Oliviera filmrendező köszöntötte a Szentatyát. „A jelenkor világa egyfajta feszültséget tükröz számunkra, amely a hagyomány és a modern kultúra közötti konfliktusból fakad” – mutatott rá a művész beszédében. A találkozó a Gulbenkian Alapítvány énekkarának hangversenyével zárult. A Gulbenkian Alapítvány gazdálkodik Lisszabonban a legendás, Isztambulból származó örmény olajmágnás és műgyűjtő, Calouste Sarkis Gulbenkian (1869-1955) örökségével. A José Socrates miniszterelnökkel történt találkozó témáiról hivatalosan semmit sem közöltek, de a portugál televízió munkatársai biztosra veszik, hogy szóba került az egyneműek „házasságáról” szóló törvényjavaslat. XVI. Benedek látogatásának csúcspontja a fatimai zarándoklat volt. Május 12-én délután érkezett a pápa a kegyhelyre. Mindenekelőtt felkereste a jelenések kápolnáját, majd a Szentháromság-templomban papokkal, szerzetesekkel, szeminaristákkal és diakónusokkal elimádkozta a zsolozsma vesperás imáját. Este a jelenések kápolnájánál kétszázezer hívő várta a pápát, égő gyertyákkal. Az imavirrasztás részeként a Szentatyával együtt imádkozták el a rózsafüzért. „Tápláljátok a hit lángját, amelyet a kialvás veszélye fenyeget” – buzdított a pápa. A rózsafüzér elimádkozása után a Szentatya búcsút vett a hívektől. Az esti szentmisét Tarcisio Bertone bíboros államtitkár mutatta be. Május 13-án a pápa a hideg, esős idő ellenére félmillió hívő részvételével mutatott be szentmisét a fatimai bazilika előtti hatalmas téren. A Szentatya hangsúlyozta: Mária felhívása a megtérésre és bűnbánatra ma is rendkívül sürgető és időszerű. A szentmise után a Szentatya megáldotta a betegeket, és a remény szavaival fordult hozzájuk. Jelképes természeti jelenségként közben hatalmas szivárvány kötötte össze az eget és a földet. A pápa ezt követően lerótta tiszteletét a három látnok sírjánál. Délután a fatimai Szentháromság- templomban találkozott a Portugália szociális ellátásával foglalkozó szervezetek képviselőivel. Később az ötventagú portugál püspöki konferenciával találkozott. Május 14-én délelőtt a pápa látogatásának utolsó állomásán, az ország második legnagyobb városában, Portóban mutatott be szentmisét kétszázezer hívő részvételével. Itt is az egyház missziós hivatásáról beszélt. Búcsúbeszédében a pápa hangsúlyozta, hogy „Fatimában az egész világért imádkoztam: egy testvériesebb, szolidárisabb és tisztelettudóbb jövőért, az Istenbe, a mi Urunkba vetett hit és bizalom megújulásáért.” P. Federico Lombardi szentszéki szóvivő az újságíróknak elmondta, a látogatás során egyre nagyobb számban vettek részt a szertartásokon a hívek, s ez nagy meglepetést okozott a Szentatyának, aki örömmel, kitűnő egészségben és szeretetteljes hangulatban élte meg a látogatást.
