Tizenhét évig a fiatalok nevelésének szentelte magát a tarnopoli, majd a chyrówi jezsuita kollégiumban. Közben egy másfajta misszióra kapott meghívást, ezért 1898-ban, negyvennyolc éves korában Madagaszkárra utazott, hogy ott a leprások között szolgáljon. Ambahivoraka lepratelepén, a sivatagban szörnyű körülmények között, teljesen elhagyatva éltek a betegek, mintegy százötvenen. Sokan nem is a betegség miatt hunytak el, hanem éhen haltak. Jan atya két hét elteltével levelet írt tartományfőnökének, Rodolphe de Scorraille amelyben segítséget kért. Ő maga pedig meghozta a döntést, hogy végleg ezeknek az embereknek szenteli az életét. Odaköltözött a telepre, hogy minden nap megerősítse a leprás betegeket abban, hogy ők is szerethetők, és érdemesek arra, hogy megmentsék őket.
Akkoriban nem volt ellenszere a lepra kórokozójának, de Jan atya észrevette, hogy az egészséges táplálkozás és a megfelelő higiéné lelassítják a betegség terjedését. Kidolgozott egy gondozási módszert, amelyet a mai napig alkalmaznak a lepra kezelése során. Minden eszközt megragadott, hogy adományokat gyűjtsön. A legelső adományokból a gyerekek rizsadagját növelte meg. Idővel olyan körülményeket tudott teremteni, hogy a temetések száma heti hétről évi ötre csökkent.
Egy szemtanú így emlékezett vissza Jan Beyzym atyára: az odaadása a leprások felé egyedülálló volt. Semmije sem volt, de azt a keveset, amit tudott, habozás nélkül odaadta. Bárki kifogást keresett, hogy nem tud segíteni, azt a választ adta: „a legkisebb dolog, amit az enyémekért teszel, értem teszed”.
Mindez természetesen neki sem volt könnyű. Egyik levelében bevallotta, hogy az első időkben néhány beteg ápolása közben elájult, annyira viszolygott. A szolgálathoz az imádság adta számára az erőt. Bár nem volt sok ideje a csendes elvonulásra, a mindennapi munka közben is megőrizte a Szent Ignác-i szemlélődő lelkületet. Nagy szívfájdalma volt, hogy a telep kis kápolnája az esős évszakban teljesen beázott – de nem költött pénzt a helyreállításra, hiszen az adományok a betegeké voltak.
Az álma egy rendesen felszerelt kórház volt. 1903-ban nyílt lehetőség arra, hogy elkezdődjön az építkezés Maranában, Fianarantsoa közelében. Egy olyan országban, ahol szinte minden hiányzott, ez óriási vállalkozás volt, de az Európából, elsősorban Lengyelországból, Ausztriából és Németországból érkező adományoknak köszönhetően 1911-ben felavatták a kórházat, amely ma is működik.
Jan atya mindemellett megszerkesztett egy lengyel-malgas szótárat és számos missziós cikket is írt. Ő maga nem kapta el a leprát. Természetes halállal hunyt el a maga építette kórházban 1912. október 12-én. Kilencven évvel később II. János Pál pápa avatta boldoggá.
