Felettese utasítására 1949-ben Ausztriában folytatta tanulmányait, majd miután az Isteni Ige Társaságát a többi szerzetesrenddel együtt feloszlatták, nem tért haza, hanem Németországba ment. Bonnban tanult teológiát, s itt szentelték pappá 1953-ban. A következő évben rendje Portugáliába küldte, ahol szemináriumi nevelőtanárként teljesített szolgálatot, és nyelveket tanult. Rövidesen a leirai püspök titkára, majd 1961-ben a fatimai Mária-jelenések látnokai, Marto Ferenc és Jácinta boldoggá avatásának posztulátora lett.
Boldog II. János Pál pápa 2000. május 13-án avatta boldoggá Fatimában a még gyermekkorában elhunyt két kis pásztort, Ferencet és Jácintát. A harmadik látnok, Lúcia kolostorba vonult, és ott halt meg 2005-ben.
Európa egyik legnagyobb Mária-kegyhelyére évente sok százezer ember látogat el, köztük híres államférfiak, diplomaták, tudósok is. Kondor Lajos atya mindig szeretettel fogadta a Fatimába érkező zarándokokat, a magyarokat különösen. Jelentős szerepet vállalt a fatimai Magyar Keresztút felépítésében is, amely az 1956-ban külföldre menekült magyarok kezdeményezésére és adományaiból jött létre.
Kondor Lajos atya 2009. október 28-án halt meg Fatimában, nyolcvanegy éves korában. Gyászszertartásán és temetésén százötven pap és háromezer hívő vett részt. Két év múlva teret neveztek el róla Fatimában, erről az eseményről a Magyar Külügyminisztérium is közleményt adott ki. Halálának harmadik évfordulóján, 2012. október 28-án szülőfalujában, Csikvándon emléktáblát helyeztek el tiszteletére a katolikus templom falán.
